C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12Q 1/70 (2006.01)
Patent
CA 2283919
A method for quantitative and qualitative analysis of a nucleic acid analyte in a sample suspected to contain the nucleic acid analyte first combines the sample with a control nucleic acid, and two primer pairs, a first primer pair effective to amplify a conserved region of the nucleic acid analyte if present in the sample to produce a conserved fragment having a first length and to amplify the control nucleic acid to produce a control fragment having a second length different from the first length, and a second primer pair effective to amplify a second region of the nucleic acid analyte to produce a sequencing fragment. One member of the first primer pair is labeled with a detectable label, and one member of the second primer pair may be labeled with a label such as biotin effective to permit capture of the primer. The combined mixture is then processed to amplify the sample and control nucleic acid using the fist and second primer pairs to produce an amplification product mixture containing conserved fragments, sequencing fragments and control fragments when the nucleic acid analyte is present in the sample, and only control fragment when the nucleic acid analyte is not present in the sample. This product mixture is analyzed to determine the relative amounts of conserved fragments and control fragments in the amplification product mixture to quantify the amount of nucleic acid analyte in the sample and used as a starting point for a reaction to determine the sequence of the sequencing fragment.
L'invention concerne un procédé d'analyse quantitative et qualitative d'une analyte d'acide nucléique dans un échantillon susceptible de contenir de l'acide nucléique. Ledit procédé suppose tout d'abord de mêler à l'échantillon un acide nucléique de contrôle et deux paires d'amorces. La première paire d'amorces sert d'une part à amplifier une région conservée de l'analyte d'acide nucléique, si ce dernier est bien présent dans l'échantillon, afin de produire un fragment conservé ayant une première longueur et, d'autre part, à amplifier l'acide nucléique de contrôle afin de produire un fragment de contrôle ayant une seconde longueur, différente de la première. Une seconde paire d'amorces sert à amplifier une seconde région de l'analyte d'acide nucléique afin de produire un fragment de séquençage. Un membre de la première paire d'amorces est marqué par un marqueur détectable et un membre de la seconde paire peut être marqué par un marqueur tel que la biotine, apte à capturer l'amorce. Le mélange est alors traité de façon à amplifier l'échantillon et l'acide nucléique de contrôle au moyen des deux paires d'amorces afin de produire un mélange d'amplification contenant des fragments conservés, des fragments de séquençage et des fragments de contrôle lorsque l'analyte d'acide nucléique est présente dans l'échantillon, et uniquement un fragment de contrôle lorsqu'il n'y a pas d'analyte d'acide nucléique dans l'échantillon. Ce mélange est analysé afin de déterminer les quantités relatives de fragments conservés et de fragments de contrôle dans le mélange d'amplification en vue de quantifier la quantité d'analyte d'acide nucléique présente dans l'échantillon, ce qui constitue le point de départ d'une réaction servant à déterminer la séquence du fragment de séquençage.
Dunn James M.
Lacroix Jean-Michel
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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