C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) G01N 27/447 (2006.01)
Patent
CA 2225385
Normalization of experimental fragment patterns for nucleic acid polymers having putatively known sequences starts with obtaining at least one raw fragment pattern for the experimental sample. The raw fragment pattern represents the positions of a selected nucleic acid base within the polymer as a function of migration time or distance. This raw fragment pattern is conditioned using conventional baseline correction and noise reduction technique to yield a clean fragment pattern. The clean fragment pattern is then evaluated to determine one or more "normalization coefficients". These normalization coefficients reflect the displacement, stretching or shrinking, and rate of stretching or shrinking of the clean fragment, or segments thereof, which are necessary to obtain a suitably high degree of correlation between the clean fragment pattern and a standard fragment pattern which represents the positions of the selected nucleic acid base within a standard polymer actually having the known sequence as a function of migration timeor distance. The normalization coefficients are then applied to the clean fragment pattern to produce a normalized fragment pattern which is used for base-calling in a conventional manner. This method may be implemented in an apparatus comprising a computer processor programmed to determine normalization coefficients for an experimental fragment pattern. This computer may be serapate from the electrophoresis apparatus, or part of an integrated unit.
La normalisation des motifs de fragments expérimentaux d'acides nucléiques polymères ayant des séquences présumées connues commence par l'obtention d'au moins un motif de fragments bruts comme échantillon expérimental. Le motif de fragments bruts représente les positions d'une base choisie de l'acide nucléique dans le polymère en fonction du temps ou de la distance de migration. Ce motif de fragments bruts est corrigé par la correction habituelle de la ligne de base et selon une technique de réduction du bruit de fond, pour fournir un motif de fragments nets. Le motif de fragments nets est ensuite évalué pour déterminer un ou plusieurs "coefficients de normalisation". Les coefficients de normalisation sont le reflet du déplacement, de l'allongement ou de la contraction, ainsi que de la vitesse d'allongement ou de contraction des fragments nets, ou de segments de ceux-ci, et ils sont nécessaires pour obtenir un degré de corrélation suffisamment élevé entre le motif de fragments nets et le motif de fragments normalisés qui représente les positions de la base d'acide nucléique choisie dans un polymère normalisé ayant une séquence connue, en fonction du temps ou de la distance de migration. Les coefficients de normalisation sont alors appliqués au motif de fragments nets pour produire un motif de fragments normalisés qui est utilisé pour l'interprétation habituelle. Ce procédé peut être mis en oeuvre avec un appareil comprenant un ordinateur programmé pour déterminer les coefficients de normalisation pour un motif de fragments expérimentaux. L'ordinateur peut être séparé de l'appareil pour électrophorèse, ou il peut constituer avec celui-ci une unité intégrée.
Chi Vrijmoed
Dee Gregory
Gilchrist Rodney D.
Green Ronald J.
Stevens John K.
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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