G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 19/00 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01)
Patent
CA 2400890
The present invention provides methods and systems for assembling a genome from a shot-gun set of end sequenced DNA fragments. Specifically, the present invention provides a method of determining the genomic sequence (base sequence and orientation) of a complex genome using DNA sequence information generated from a collection of DNA fragments obtained from the genome. The present method is particularly useful in assembling genomes of at least 10MB (up to 5GB) and which are made up of at least 5% repetitive DNA sequences (up to 25% repetitive), but can be used also for smaller genomes with a lower percentage of repetitive DNA.
La présente invention concerne des procédés et des systèmes d'assemblage d'un génome à partir d'un ensemble pris au hasard de fragments d'ADN à extrémité séquentielle. Plus particulièrement, la présente invention concerne un procédé destiné à déterminer la séquence génomique (séquence de base et orientation) d'un génome complexe au moyen d'informations d'ADN en séquence générées à partir de plusieurs fragments d'ADN obtenus par le génome. Ce procédé est particulièrement utile dans l'assemblage de génomes d'au moins 10MB (jusqu'à 5GB) et qui sont constitués d'au moins 5 % de séquences d'ADN répétitif (jusqu'à 25%), mais il peut également être utilisé pour de plus petits génomes avec un pourcentage inférieur d'ADN répétitif.
Delcher Arthur L.
Dew Ian M.
Flanigan Michael J.
Kravitz Saul A.
Mobarry Clark M.
Applera Corporation
Pe Corporation (ny)
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1692964