C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2562557
The present invention provides a method for determining nucleic acid sequences of a template nucleic acid that requires no prior knowledge of the nucleic acid sequence present in the template nucleic acid. The method is based on combining information about the mass of a fragment, the mass of any one nucleotide and the combinations thereof, and the sequence specificity of a nucleotide cutter, either enzymatic or chemical cutter, to determine a sequence of a nucleic acid fragment. This method allows for de novo detection of sequences in a target nucleic acid without requiring any prior sequence information. This method is called Partial Sequencing by Fragmentation (PSBF) and it works by fragmenting a target into oligo- or polynucleotides whose masses or lengths are uniquely associated with known sequences. The identities of these sequences are determined solely by the specific fragmentation method used, and are always independent of the target. PSBF can be implemented using electrophoresis, mass spectrometry or any other method that can be used to distinguish the size of the cut nucleic acid sequence fragments.
L'invention concerne un procédé de détermination de séquences d'acides nucléiques d'un acide nucléique modèle, ne nécessitant pas de connaissance de la séquence d'acides nucléiques présente dans l'acide nucléique modèle. Ce procédé repose sur la combinaison d'informations concernant la masse d'un fragment, la masse de tous les nucléotides et les combinaisons de celles-ci, et la spécificité séquentielle d'un coupeur de nucléotides, enzymatique ou chimique, visant à déterminer une séquence d'un fragment d'acide nucléique. Le procédé selon l'invention permet de détecter des séquences dans un acide nucléique cible sans connaissance préalable d'informations de séquences. Ce procédé est appelé séquençage partiel par fragmentation et fonctionne par fragmentation d'une cible en oligonucléotides ou polynucléotides dont les masses ou longueurs sont uniquement associées à des séquences connues. Les identités de ces séquences sont déterminées uniquement au moyen du procédé de fragmentation spécifique, et sont toujours indépendantes de la cible. Le séquençage partiel par fragmentation peut être mis en oeuvre au moyen de l'électrophorèse, de la spectrométrie de masse ou de tout autre procédé pouvant servir à distinguer la taille des fragments de séquences d'acides nucléiques coupés.
Cantor Charles R.
Siddiqi Fouad A.
Bereskin & Parr Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
The Trustees Of Boston University
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2072780