C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01)
Patent
CA 2330234
The present invention relates to a method for the rapid and reliable detection of drug-selected mutations in the HIV protease gene allowing the simultaneous characterization of a range of codons involved in drug resistance using specific sets of probes optimized to function together in a reverse- hybridization assay. More particularly, the present invention relates to a method for determining the susceptibility to antiviral drugs of HIV viruses in a biological sample, with said method comprising: a) if need be, releasing, isolating or concentrating the polynucleic acids present in the sample; b) if need be amplifying the relevant part of the protease gene of HIV with at least one suitable primer pair; c) hybrydizing the polynucleic acids of step a) or b) with at least one of the following probes: probes specifically hybridizing to a target sequence comprising codon 30; probes specifically hybridizing to a target sequence comprising codon 46 and/or 48; probes specifically hybridizing to a target sequence comprising codon 50; probes specifically hybridizing to a target sequence comprising codon 54; probes specifically hybridizing to a target sequence comprising codon 82 and/or 84; probes specifically hybridizing to a target sequence comprising codon 90; <u>or the complement of said probes</u>; further characterized in that said probes specifically hybridize to any of the target sequences presented in figure (1), <u>or the complement of said target sequences</u>; d) inferring from the result of step c) whether or not a mutation giving rise to drug resistance is present in any of said target sequences.
L'invention concerne un procédé de détection rapide et fiable de mutations pharmacosensibles dans le gène de la protéase du VIH. Le procédé permet de caractériser simultanément une gamme de codons impliqués dans la pharmacorésistance, à l'aide de groupes spécifiques de sondes, optimisés de manière à fonctionner ensemble, dans une technique de dosage d'hybridation inverse. L'invention concerne notamment un procédé de détermination de la sensibilité à des médicaments antiviraux des virus du VIH, dans un échantillon biologique, ce procédé comprenant les étapes consistant: a) le cas échéant, à libérer, isoler ou concentrer les acides polynucléiques présents dans l'échantillon; b) le cas échéant, à amplifier la partie pertinente du gène de la protéase du VIH à l'aide d'au moins une paire d'amorces appropriées; c) à hybrider les acides polynucléiques de l'étape a) ou b), à l'aide d'au moins une sonde qui s'hybride spécifiquement à une séquence cible et contient, soit le codon 30, soit le codon 46 et/ou le codon 48, soit le codon 50, soit le codon 54, soit le codon 82 et/ou 84, soit le codon 90, <u>ou à l'aide du complément de ces sondes</u>, ce procédé éta nt caractérisé en outre en ce que ces sondes s'hybrident spécifiquement à l'une quelconque des séquences cibles représentées dans la figure (1), <u>ou au complément de ces séquences cibles</u>; d) à déduire du résultat de l'étape c) si une mutation donnant naissance à une pharmacorésistance est présente ou non dans l'une quelconque de ces séquences cibles.
Innogenetics N.v.
Smart & Biggar
LandOfFree
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