Method for determining fatty acid synthetic pathway of...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01)

Patent

CA 2754409

Disclosed is a method for determining the fatty acid synthesis pathway of a microorganism. Specifically disclosed is a method for determining the fatty acid synthesis pathway of a microorganism, which is characterized by producing degenerate primers for a fatty acid synthesis-related enzyme gene and determining the presence or absence of the fatty acid synthesis-related gene in the genome gene extracted from the microorganism using the degenerate primers. The sequences for degenerate primers for C20-elongase gene, which is a fatty acid synthesis-related enzyme gene, are ATHGARTWYTKBRTITTYGTICA (SEQ ID NO:1) and TARTRISWRTACATIADIAMRTG (SEQ ID NO:2), and the sequences for degenerate primers for .DELTA.4-desaturase gene are GGNCAYCAYCMITAYACNAA (SEQ ID NO:3) and TCDATYTGRTGIBWIARNCC (SEQ ID NO:4). The microorganism is one belonging to the class Labyrinthulea. Also specifically disclosed is a PCR primer set for use in the determination method. The method is useful as a method for screening a microorganism capable of synthesizing a fatty acid.

Cette invention concerne une méthode de détermination des voies de synthèse des acides gras d'un micro-organisme. L'invention concerne spécifiquement une méthode de détermination des voies de synthèse des acides gras d'un micro-organisme, caractérisée par la production d'amorces dégénérées pour le gène d'une enzyme associé à la synthèse des acides gras et par la détermination de la présence ou de l'absence de ce gène dans le génome du micro-organisme au moyen des amorces dégénérées. Les séquences des amorces dégénérées pour le gène de l'élongase C20, qui est le gène d'une enzyme associé à la synthèse des acides gras, sont les séquences ATHGARTWYTKBRTITTYGTICA (SEQ ID NO:1) et TARTRISWRTACATIADIAMRTG (SEQ ID NO:2), et les séquences pour les amorces dégénérées du gène de la ?4-désaturase sont les séquences GGNCAYCAYCMITAYACNAA (SEQ ID NO:3) et TCDATYTGRTGIBWIARNCC (SEQ ID NO:4). Le micro-organisme appartient au genre Labyrinthula. L'invention concerne aussi spécifiquement un groupe d'amorces PCR utilisable dans la méthode de détermination. Cette méthode est utilisée comme méthode de criblage d'un micro-organisme capable de synthétiser un acide gras.

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