C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2547357
A method for the identification of DNA sequence elements in complex and highly variable sequences is described. The method consists of identifying a short sequence element of several DNA bases (2-6 bases) at a given position in the genome simultaneously on all parental alleles. The method allows differentiating mini-haplotypes on different alleles in one analysis. The method consists of carrying out an enzymatic primer extension reaction with a combination of extension primers (pool of primers) and analysing the products by mass spectrometry. The pool of primers is assembled in such a way that the primer extension product allows unambiguous identification of both the primer of the pool that was extended and the base that was added. The method is of great utility for DNA sequences harbouring many SNPs close to each other with many possible haplotypes. Such sequences are known in the Major Histocompatibility Complex (MHC). This method is particularly well suited for DNA-based HLA typing and in combination with a suitable selection of sites tested, it is superior in ease of operation to conventional HLA typing methods. We have identified sets of these assays for HLA-A, HLA-B, and HLA-DRB 1 that allow unambiguous four-digit HLA of each of these genes with between 11 and 28 queried markers.
Méthode d'identification d'éléments de séquences complexes et fortement variables d'ADN. La méthode consiste à identifier un court élément de la séquence constitué de plusieurs bases d'ADN (2-6 bases) dans une position donnée du génome sur tous les allèles parentaux simultanément. Cette méthode permet de différentier des mini-haplotypes sur différents allèles en une seule analyse. La méthode consiste à effectuer une réaction d'extension des amorces enzymatiques avec une combinaison d'amorces d'extension (masse commune d'amorces) et à analyser les produits par spectrométrie de masse. La masse commune d'amorces est assemblée de sorte que le produit d'extension des amorces permette l'identification univoque de l'amorce étendue faisant partie de la masse commune et de la base ajoutée. La méthode est d'une grande utilité pour identifier des séquences d'ADN qui contiennent de nombreux polymorphismes de nucléotides simples (PNS) à proximité les uns des autres et présentant de nombreux haplotypes possibles. On connaît ces séquences dans le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH). Cette méthode est particulièrement appropriée pour le typage HLA à base d'ADN et en association avec une sélection appropriée de sites de test et a une facilité d'application supérieure à celle des méthodes classiques de typage HLA. Nous avons identifié des ensembles d'essais de HLA-A, HLA-B et HLA-DRB1 qui permettent d'identifier de manière univoque le HLA à quatre chiffres de chacun de ces gènes, au moyen de 11 à 28 marqueurs interrogés.
Gut Ivo Glynne
Kucharzak Ramon
Commissariat A. L'energie Atomique Et Aux Energies Alternatives
Consortium National de Recherche En Genomique (cnrg)
Goudreau Gage Dubuc
LandOfFree
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