Method for identifying compounds affecting rna/rna binding...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2344618

Disclosed are nucleic acid sequences which, when present in an RNA molecule, bind to RNA binding proteins. These nucleic acid sequences are present in untranslated regions of certain mRNA. They can be used in assays to identify compounds that affect the interaction of RNA containing the nucleic acid sequence, such as the source mRNA, and RNA binding proteins. The disclosed nucleic acid sequences can also be used to identify RNA binding proteins that can interact with the sequences. An assay for identifying compounds that affect interaction of RNA containing one of the disclosed nucleic acid sequences and RNA binding proteins is also disclosed. The assay involves detecting interactions between RNA binding proteins and an RNA molecule containing one of the disclosed nucleic acid sequences in the presence of a test compound and in the absence of the test compound. A difference in the detected interaction in the presence and absence of the test compound indicates that the compound affects the interaction. The identified compounds can be used to affect the interaction of RNA binding proteins with mRNA containing the nucleic acid sequences or related sequences.

L'invention concerne des séquences d'acide nucléique qui, lorsqu'elles sont présentes dans une molécule d'ARN, se fixent sur les protéines de liaison d'ARN. Ces séquences d'acide nucléique sont présentes dans les régions non traduites de certains ARNm. Elles peuvent être utilisées dans des tests permettant d'identifier des composés qui influencent l'interaction entre l'ARN contenant cette séquence d'acide nucléique, tel que la source ARNm, et les protéines de liaison d'ARN. Ces séquences d'acide nucléique peuvent également être utilisées pour identifier les protéines de liaison d'ARN capables d'une interaction avec ces séquences. L'invention concerne également un test permettant l'identification de composés influençant l'interaction entre l'ARN contenant l'une des séquences d'acide nucléique décrites et les protéines de liaison d'ARN. Ce test consiste à détecter les interactions entre les protéines de liaison d'ARN et une molécule d'ARN contenant une des séquences d'acide nucléique décrite en présence et en l'absence du composé testé. La détection d'une différence dans cette interaction en présence ou en l'absence du composé testé indique que le composé influence cette interaction. Les composés ainsi identifiés peuvent être utilisés pour influencer l'interaction des protéines de liaison d'ARN avec l'ARNm contenant les séquences d'acide nucléique décrites ou des séquences voisines de celles-ci.

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