G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) G01N 33/88 (2006.01) G01N 33/92 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2456058
Two-step procedure for determining possible N-terminal N-myristoylation of proteins from their amino acid sequence. In the first step, a novel computerized algorithm deriving a decision calculated from the N-terminal segment off the amino acid sequence is applied to determine probable substrate proteins. The reduced list of targets may be subjected to experimental verification in a second step. The score function used in the decision does not only evaluate amino acid type preferences on single positions, but penalizes also deviations from the physico-chemical requirements for several positions that either show a general trend of deviation from the average properties of known myristoylated proteins or have been tested for compensatory effects. For risk evaluation, the scores are translated into probabilities of false positive prediction.
La présente invention concerne un procédé en deux étapes permettant la détermination d'une éventuelle myristoylation N de terminal N de protéines à partir de leur séquence d'acides aminés. Dans une première étape, on applique un nouvel algorithme informatisé induisant une décision calculée à partir d'un segment de terminal N de la séquence d'acides aminés afin de déterminer de protéines de substrats probables. On peut soumettre la liste réduite de cibles à une vérification expérimentale dans la deuxième étape. La fonction de caractérisation mise en oeuvre dans la décision permet non seulement l'évaluation des préférences de type d'acides aminés sur des positions uniques, mais empêche également les déviations à partir des exigences physico-chimiques pour plusieurs positions qui soit présentent une tendance générale à la déviation à partir des propriétés moyennes de protéines myristoylées connues ou ont été testés pour des effets compensatoires. Pour l'évaluation des risques, on traduit les indices en probabilités de prédiction faussement positive.
Eisenhaber Birgit
Eisenhaber Frank
Maurer-Stroh Sebastian
Boehringer Ingelheim International Gmbh
Fetherstonhaugh & Co.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2000756