Method for mutation detection in hiv using pol sequencing

Details Method for mutation detection in hiv using pol sequencing Method for mutation detection in hiv using pol sequencing

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2406830

The present invention relates to a method for mutation analysis of the HIV pol gene of HIV virions comprising amplifying virion RNA or DNA via nested PCR using outer primers as represented in SEQ ID No. 1 and 2, amplifying said PCR product via nested PCR using a 5' and 3' primer chosen from the inner primers SEQ ID No. 3, 4, 5, and 6, and sequencing this secondary obtained PCR product using at least one sequencing primer chosen from any of SEQ ID No. 7 to 12 or variants thereof. In the alternative, at least one secondary sequencing primer may be used chosen from any of SEQ ID No. 13 to 24. The benefit of the sequences present in the invention resides in the fact that, with the aid of the oligonucleotides, the sequences of all presently known HIV subtypes and all mutations of the pol gene presently known to yield resistance towards antiretroviral therapy can be determined. The present invention also relates to kits for performing such a method as well as primers for performing the same.

L'invention concerne un procédé d'analyse de mutation de pol gène HIV de virions HIV, caractérisé en ce qu'il consiste à amplifier un virion ARN ou ADN via PCR nidifié au moyen d'amorces externes telles que représentées dans SEQ ID No 1 et 2, à amplifier ledit produit PCR via PCR nidifié en utilisant une amorce 5' et 3' choisie à partir des amorces internes SEQ ID No 3, 4, 5 et 6, et à séquencer ce produit PCR obtenu secondaire en utilisant au moins une amorce de séquençage choisie à partir de l'un quelconque des SEQ ID No 7 à 12 ou des variants de celui-ci. En variante, on peut utiliser au moins une amorce de séquençage secondaire choisie à partir de l'un quelconque des SEQ ID No 13 à 24. L'avantage des séquences présentes dans l'invention réside dans le fait qu'au moyen des oligonucléotides, les séquences de tous les sous-types HIV actuellement connus et de toutes les mutations du gène pol actuellement connues comme procurant une résistance dans les traitements antirétroviraux peuvent être déterminées. L'invention concerne également des kits pour la mise en oeuvre d'un tel procédé, ainsi que des amorces pour effectuer ledit procédé.

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