C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2390426
The present invention relates to rRNA-derived cDNA used as an internal standard or control to achieve normalization of hybridization signal detection in microarray biochip technology. Analysis of data obtained from a laser scanner during DNA microarray experiments first requires image processing. However, the data generated for the arrayed genes must be normalized before differentially expressed genes can be identified. Normalization is necessary to compensate for differences in labelling and detection efficiencies for the labels and for differences in the quantity of starting RNA from the samples examined in the assay. Because of its relatively invariant expression across tissues and treatments, 18S and 28S ribosomal RNAs are ideal internal controls for quantitative RNA analysis. A way to circumvent the technical difficulties of using ribosomal RNA as a control, because of its overabundance relative to that of other RNAs, is described and claimed in the present application. Improved methods, arrays and kits comprising arrays and free unlabelled ribosomal probes, are objects of this invention. The unlabelled ribosomal probes are used to compete out the excess or ribosomal nucleics present in a sample wherein all cDNA species of the sample are labelled before being placed in contact with the arrays.
la présente invention concerne de l'ADNc synthétisé à partir d'ARNr utilisé comme standard ou référence interne pour normaliser la détection de signaux d'hybridation dans les technologies des biopuces pour microréseaux. L'analyse de données obtenues par balayage laser pendant des expériences sur des micro-échantillons d'ADN nécessite préalablement un traitement d'image. Toutefois, les données obtenues à partir des gènes échantillonnés doivent être normalisées avant que des gènes à expression différentielle puissent être identifiés. Cette normalisation s'impose pour compenser des différences d'efficacité dans le marquage et la détection pour les marqueurs, et des différences de quantité d'ARN de départ à partir des échantillons analysés. De par leur expression relativement invariante dans les tissus et les traitements, les ARN ribosomiques 18S et 28S conviennent particulièrement bien comme références pour l'analyse quantitative de l'ARN. La présente invention concerne notamment une technique qui permet de surmonter les difficultés techniques liées à l'emploi d'ARN ribosomique comme témoin par suite de sa surabondance par rapport à d'autres ARN. Cette invention concerne également des méthodes améliorées, des micro-échantilIons, des trousses de micro-échantillons et des sondes ribosomiques libres non marquées. Ces sondes ribosomiques non marquées s'utilisent pour éliminer les d'acides ribonucléiques en trop de l'échantillon, toutes les espèces d'ADNc de l'échantillon étant marquées avant d'être mis en contact avec les ensembles de micro-échantillons.
Camato Rino
Larose Anne-Marie
Leblanc Benoit
Geneka Biotechnology Inc.
Goudreau Gage Dubuc
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2045668