Method for predicting protein-protein interactions

Details Method for predicting protein-protein interactions Method for predicting protein-protein interactions

C - Chemistry, Metallurgy

07

K

C07K 7/06 (2006.01) A61K 38/08 (2006.01) C07K 1/107 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) C40B 40/10 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) C07K 14/245 (2006.01) C07K 14/705 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2402606

A method of anticipating an interaction between proteins characterized by comprising: (1) digesting the amino acid sequence of a protein A to give oligopeptides of certain length; (2) searching for a protein C having the above-described oligopeptides or a protein D having oligopeptides homologous with the above-described oligopeptides from a protein data base; (3) performing local alignment between the above-described protein A and the protein C or D thus detected; and (4) anticipating that the detected protein C or D is a protein B having an interaction with the protein A by using a value calculated from the amino acid frequencies or oligopeptide frequencies based on the results of the local alignment and the protein data base; a recording medium carrying the above anticipation program; an anticipation apparatus carrying this recording medium; and proteins obtained therefrom.

L'invention concerne un procédé servant à prévoir une interaction entre des protéines, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes consistant à : 1) digérer la séquence d'acides aminés d'une protéine A pour obtenir des oligopeptides d'une certaine longueur ; 2) rechercher dans une base de données de protéines une protéine C comportant les oligopeptides décrits ou une protéine D possédant des oligopeptides homologues des oligopeptides décrits ; 3) aligner localement la protéine A et la protéine C ou D ainsi détectée ; et 4) prévoir que la protéine C ou D détectée est une protéine B interagissant avec la protéine A, au moyen d'une valeur calculée à partir des fréquences d'acides aminés ou des fréquences d'oligopeptides sur la base des résultats de l'alignement local et de la base de données de protéines ; d'un support d'enregistrement comportant le programme de prévision ; d'un dispositif de prévision comportant ce support d'enregistrement ; et de protéines obtenues.

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