Method of determining protein-ligand interactions via...

G - Physics – 06 – F

Patent

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G06F 19/00 (2006.01) C07K 1/00 (2006.01) C07K 14/705 (2006.01) G06F 17/00 (2006.01) G06F 17/50 (2006.01)

Patent

CA 2282357

Disclosed is a method of determining receptor-ligand affinities by constructing a receptor protein model, placing a ligand into the binding pocket portion of the receptor protein model, calculating the protein-ligand interaction energies and then predicting the ligand binding affinity for the receptor protein from a mathematical equation. This method provides for a way of determining receptor binding affinities of potential ligand molecules without the need of actually preparing these molecules in a laboratory and testing them by in vitro receptor binding assays. Such determinations are useful for identifying potential ligands of receptors for use in studying receptor binding, in studying receptor activities, as potential modulators of receptor activity, and as actual or lead compunds useful as therapeutics which modulate receptor activity.

Cette invention se rapporte à un procédé d'évaluation des affinités récepteur-ligand, qui consiste à fabriquer un modèle de protéine réceptrice, à placer un ligand à l'intérieur de la poche de liaison du modèle de la protéine réceptrice, à calculer les énergies d'interaction protéine-ligand, puis à prévoir l'affinité de liaison du ligand pour la protéine réceptrice au moyen d'une équation mathématique. Ce procédé constitue un moyen permettant d'évaluer les affinités de liaison à un récepteur des molécules d'un ligand potentiel sans avoir besoin de préparer réellement ces molécules dans un laboratoire ni de les tester par des méthodes in vitro d'analyse de liaison à un récepteur. Ces évaluations s'avèrent utiles pour identifier des ligands potentiels de récepteurs permettant d'étudier la liaison au récepteur ou les activités du récepteur, et utilisés en tant que modulateurs de l'activité du récepteur et en tant qu'agents thérapeutiques qui modulent l'activité du récepteur.

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