Method of identifying conformation-sensitive binding...

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G - Physics

01

N

G01N 33/68 (2006.01) G01N 33/566 (2006.01) H01S 5/026 (2006.01) H01S 5/042 (2006.01) H01S 5/0625 (2006.01) H01S 5/12 (2006.01) H01S 5/34 (2006.01) H01S 5/50 (2006.01) H04B 10/17 (2006.01)

Patent

CA 2414572

Peptides which bind a cellular (surface or intracellular) receptor, such as a nuclear receptor, may be identified by screening a combinatorial peptide library presented in the form of cells each of which coexpress one member peptide and the receptor, together with a signal producing system for reporting binding. A "two-hybrid" assay is of particular interest. The screen may be carried out in the presence of a ligand, in particular, an exogenous ligand. If this screening is carried out for a plurality of different receptor conformations, then this library screening will also serve to identify conformation-specific peptides for the receptor, which may then be used in a panel for "fingerprinting"query compounds as to their ability to interact with the receptor in the presence of each of the panel peptides. These fingerprints may be compared to those of reference compounds with known biological activities mediated by that receptor.

L'invention concerne un procédé d'identification de peptides qui se lient avec un récepteur cellulaire (en surface ou intracellulaire), du type récepteur nucléaire, par criblage de bibliothèque de peptides combinatoire se présentant sous la forme de cellules qui co-expriment chacune un peptide de la bibliothèque et le récepteur, avec utilisation de système de production de signaux notifiant la liaison. A cet égard, le dosage en "deux hybrides" présente un intérêt particulier. Le criblage peut être réalisé en présence d'un ligand, en particulier un ligand exogène. S'il s'applique à une pluralité de conformations différentes de récepteurs, ce criblage de bibliothèque permet aussi d'identifier les peptides spécifiques à telle ou telle conformation pour le récepteur considéré, offrant ainsi la possibilité d'une utilisation dans un panel de peptides pour relever les "empreintes digitales" peptidiques de composés d'intérêt dont on cherche à déterminer le potentiel d'interaction avec le récepteur en présence de chacun des peptides du panel. Il est possible de comparer les empreintes en question avec celles de composés de référence pour lesquels la médiation d'activités biologiques connues est assurée par le récepteur concerné.

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