G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 27/62 (2006.01)
Patent
CA 2560355
An object of the present invention is to provide a system for analyzing a sugar chain structure which can determine a complete primary structure of a sugar chain simply and rapidly with a small amount of sample. In a method of identifying an analysis-objective sugar chain structure using a mass spectrometer by comparing a measured MS3 fragment pattern with a reference MS3 fragment pattern stored in a database, where the measured MS3 fragment pattern is a fragmentation pattern of each MS2 fragment ion included in a measured MS2 fragment pattern obtained by subjecting the analysis-objective sugar chain to a fragmentation mass spectroscopy, the present invention is characterized in that, among a plurality of MS2 fragment ions included in a measured MS2 fragment pattern, a fragmentation mass spectroscopy is performed on only selected MS2 fragment ions, where each of the selected MS2 fragment ions has a plurality of reference MS3 fragment patterns stored in a database whose mutual similarity index is smaller than a predetermined value, wherein the plurality of reference MS3 fragment patterns have the same precursor ion mass to charge ratio as that of the selected MS2 fragment ion.
L'invention concerne un système destiné à analyser une structure de chaîne de sucre permettant de déterminer une structure primaire complète d'une chaîne de sucre de façon simple et rapide au moyen d'une petite quantité d'échantillon. Dans un procédé d'identification d'une chaîne de sucre à analyse objective au moyen d'une spectroscopie de masse par comparaison d'un motif de fragment MS3 mesuré avec un motif de fragment MS3 de référence stocké dans une base de données. Le motif de fragment MS3 mesuré consiste en un motif de fragmentation de chaque ion de fragment MS2 contenu dans un motif de fragment MS2 mesuré obtenu par soumission de la chaîne de sucre à analyse objective à une spectrométrie de masse de fragmentation. La présente invention est caractérisée en ce que, parmi plusieurs ions de fragment MS2 contenus dans le motif de fragment MS2 mesuré, une spectroscopie de masse de fragmentation est réalisée uniquement sur des ions de fragment MS2 sélectionnés, chacun des ions de fragment MS2 sélectionnés possédant plusieurs motifs de fragment MS3 de référence stockés dans une base de données dont l'indice de similarité mutuelle est inférieure à une valeur prédéfinie, les motifs de fragment MS3 de référence possédant le même rapport masse/charge d'ions précurseurs que l'ion de fragment MS2 sélectionné.
Kameyama Akihiko
Kikuchi Norihiro
Nakaya Shuuichi
Narimatsu Hisashi
Goudreau Gage Dubuc
Mitsui Knowledge Industry Co. Ltd.
National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology
Shimadzu Corporation
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1961547