Method of monitoring the competitiveness of a microbial strain

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/04 (2006.01) A23C 9/127 (2006.01) A23C 19/032 (2006.01) C12N 1/00 (2006.01) C12N 1/20 (2006.01) C12N 1/21 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2334007

A method of selectively monitoring development and/or competitiveness of a microbial strain in a sample environment, comprising inserting a selectively detectable genetic label into the strain and adding the labelled strain to the sample environment and isolating DNA or RNA of said strain from the sample environment and detecting the amount of the genetic label. The method is also used for selecting, among a multiplicity of microbial strains, the strain that in a pre-selected environment and under pre-selected conditions has the highest capability to survive, multiply and/or express a pre-selected gene. The amount of genetic label is detected by PCR including a PCR technique that is capable of detecting a label consisting of a single nucleotide substitution, including a technique where the first PCR cycle involves the use of a reverse transcriptase. The method is also useful for establishing the identity and origin of a microbial strain by inserting a genetic label comprising a coded message.

Ce procédé, qui permet de contrôler sélectivement le développement et/ou la compétitivité d'une souche microbienne dans un milieu échantillon, consiste à introduire une étiquette génétique sélectivement détectable dans ladite souche et à ajouter la souche ainsi marquée au milieu échantillon, puis à isoler l'ADN ou l'ARN de cette souche à partir dudit milieu échantillon et à détecter la quantité d'étiquette génétique. Ce procédé sert également à sélectionner, parmi plusieurs souches microbiennes, la souche qui, dans un milieu préalablement choisi et dans des conditions préalablement choisies, présente la meilleure aptitude à survivre, à se multiplier et/ou à exprimer un gène préalablement sélectionné. La quantité d'étiquette génétique est détectée par réaction en chaîne par polymérase (PCR), par exemple par une technique PCR capable de détecter une étiquette constituée d'une seule substitution nucléotidique, y compris une technique dans laquelle le premier cycle PCR implique l'utilisation d'une transcriptase inverse. Ce procédé sert également à établir l'identité et l'origine d'une souche microbienne par introduction d'une étiquette génétique comprenant un message codé.

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