G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/50 (2006.01) C07B 61/00 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G06F 17/18 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) C07C 39/40 (2006.01) C07C 233/44 (2006.01) C07C 323/32 (2006.01) C07C 335/16 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2423672
The invention provides a method of operating a computer system, and a corresponding computer system, for performing a discrete substructural analysis. First, a database of molecular structures is accessed. The database is searchable by molecular structure information and biological and/or chemical properties. In said database, a set of molecules is identified that have a given biological and/or chemical property. Fragments of the molecules in said subset are then determined, and a score value is calculated for each fragment, indicating the contribution of the respective fragment to said given biological and/or chemical property. Finally, a reiteration process is performed by analyzing the determined fragments and calculated scores values, whereby first at least one fragment is selected that has a score value indicating high contribution to said biological and/or chemical property, and then the steps of accessing, identifying, determining and calculating are repeated. Fragments may be any structural subunit of the molecules. The biological and/or chemical properties include biochemical, pharmacological, toxicological, pesticidal, herbicidal and catalytic properties. The invention is preferably used for DNA backsequencing or drug discovery. Preferred embodiments include an reiteration process that increases the fragment size in each iteration, the use of generiy substructures, and an annealing process that glues fragments together.
La présente invention concerne un procédé d'activation d'un système informatique et un système informatique correspondant pour effectuer une analyse sous-structurelle discrète. Tout d'abord, on accède à une base de données de structures moléculaires. Cette base de données peut être consultée pour rechercher des informations de structure moléculaire et des propriétés biologiques et/ou chimiques. Dans ladite base de données, un ensemble de molécules est identifié qui présente une propriété biologique et/ou chimique. Des fragments des molécules dans ce dit sous-ensemble sont ensuite déterminés, et une valeur de notation est calculée pour chaque fragment, indiquant la participation du fragment correspondant à ladite propriété chimique et/ou biologique. Enfin, un processus de réitération est effectué en analysant les fragments déterminés et les valeurs de notation calculées. Au moins un fragment est ainsi sélectionné qui possède une valeur de notation indiquant une forte participation à ladite propriété biologique et/ou chimique, puis les étapes d'accès, d'identification, de détermination et de calcul sont ensuite répétées. Les fragments peuvent être toute sous-unité structurelle des molécules. Les propriétés biologiques et/ou chimiques comprennent des propriétés biochimiques, pharmacologiques, toxicologiques, pesticides, herbicides et catalytiques. L'invention est, de préférence, utilisée pour le rétro-séquençage ou la découverte de médicaments. Les modes de réalisation préférés comprennent un processus de réitération qui augmente la taille du fragment dans chaque itération, l'utilisation de sous-structures génériques et un processus d'annelage qui colle les fragments ensemble.
Church Dennis
Colinge Jacques
Applied Research Systems Ars Holding N.v.
Kirby Eades Gale Baker
Laboratoires Serono S.a.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1965136