Method of pcr testing of pooled blood samples

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/70 (2006.01) A61B 19/00 (2006.01) B01L 3/00 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12N 7/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2276570

Systems, processes, and devices are provided which are useful for testing blood or plasma donations to detect those specific donations which are contaminated by a virus above a predetermined level. An apparatus and process is described which forms individual, separately sealed and connected sample containers from a flexible hollow tubing segment connected to a fluid donation container. The tubing segment is sealed at spaced-apart intervals along its length, with tubing segment portions in the intervals between the seals defining containers, each of which holds a portion of a plasma sample. The contents of the containers are formed into pools which are subsequently tested for virus contamination by a high-sensitivity test such as PCR. The pools are tested in accordance with an algorithm by which a sample from each donation is mapped to each element of an N-dimensional matrix or grid. Each element of the matrix is identified by a matrix identifier, X rcs, where rcs defines the dimensional index. An aliquot is taken from each sample, and subpools are formed, each subpool comprising aliquots of samples in which one dimensional index is fixed. All of the subpools are tested in one PCR test cycle. The dimensional indicia of each positive subpool is evaluated mathematically in accordance with a reduction by the method of minors, thereby unambiguously identifying a unique element in the grid, thereby unambiguously identifying a uniquely positive blood or plasma donation.

L'invention concerne des systèmes, des procédés et des dispositifs utiles pour analyser des dons de sang ou de plasma en vue de détecter les dons spécifiques présentant une contamination par un virus supérieure à un niveau préétabli. Un appareil et un procédé sont décrits, qui permettent de former des conteneurs d'échantillons unitaires, scellés séparément et connectés, à partir d'un segment de tubage creux flexible connecté à un conteneur de dons de fluides. Le segment de tubage est scellé à des intervalles espacés sur sa longueur, et comporte des parties entre les scellages qui définissent des conteneurs, chacun de ces derniers contenant une partie d'un échantillon de plasma. Le contenu des conteneurs est formé en groupes qui sont analysés ultérieurement pour déterminer une contamination virale à l'aide d'une analyse de haute sensibilité telle que la PCR. Les groupes sont analysés en fonction d'un algorithme par lequel un échantillon de chaque don est mis en correspondance avec chaque élément d'une matrice ou grille de dimension N. Chaque élément de la matrice est identifié par un identificateur de matrice, Xrcs, rcs désignant l'indice dimensionnel. On prélève un aliquot de chaque échantillon, et des sous-groupes font formés, chaque sous-groupe comportant des aliquots d'échantillons dans lesquels un indice dimensionnel est fixé. Tous les sous-groupes sont analysés dans un seul cycle d'analyse par PCR. Les indices dimensionnels de chaque sous-groupe positif font l'objet d'une évaluation mathématique en fonction d'une réduction par la méthode des mineurs, ce qui permet d'identifier sans ambiguïtés un élément unique dans la grille, et donc d'identifier sans ambiguïtés un unique don de sang ou de plasma positif.

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