G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 27/62 (2006.01) C12Q 1/37 (2006.01) G01N 30/72 (2006.01) G01N 30/88 (2006.01) G01N 33/483 (2006.01)
Patent
CA 2628708
It is intended to provide a method whereby a membrane protein can be conveniently, quickly and highly accurately quantified by mass spectrometry with the use of a stable isotope-labeled peptide as a probe. This method comprises: fragmenting a cell membrane protein into oligopeptide fragments; identifying them by LC/MS/MS; selecting peptides obtained by using a protease and a peptide specific for the target molecule as essential criteria; setting scored criteria for selection considering hydrophobic amino acid content, sequential conditions, amino acid residue count, and so on; selecting a peptide fragment, which can be ionized by the ESI method, in accordance with the criteria for selecting the target peptide to be quantified whereby a peptide having a higher total score is preferentially selected; and thus quantifying the cell membrane protein at a high accuracy by mass spectrometry with the use of the target peptide to be quantified and the stable isotope-labeled peptide.
L'invention concerne un procédé de quantification efficace, rapide et très précis d'une protéine membranaire présente dans une membrane cellulaire par spectrométrie de masse au moyen d'un peptide marqué par des isotopes stables utilisé comme sonde. Le procédé consiste à fragmenter une protéine de membrane cellulaire en fragments oligopeptidiques ; à les identifier par LC-MSMS; à sélectionner les peptides obtenus à partir d'une protéase et un peptide spécifique de la molécule cible comme critères de base ; à établir des critères de cotation pour la sélection en fonction de la teneur en acide aminé hydrophobe, de conditions séquentielles, de dénombrement de résidus d'acide aminé, de conditions séquentielles spécifiques d'acide aminé etc ; à sélectionner un fragment peptidique qui peut être ionisé par ESI, en fonction des critères de sélection du peptide cible à quantifier, le peptide sélectionné de préférence étant celui présentant une cote totale plus élevée ; le procédé consiste alors à quantifier la protéine de membrane cellulaire avec une grande précision par spectrométrie de masse en utilisant le peptide cible à quantifier et le peptide marqué par des isotopes stables.
Kamiie Junichi
Otsuki Sumio
Terasaki Tetsuya
Gowling Lafleur Henderson Llp
Tohoku University
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1942959