C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2370947
A genetic sample is analyzed by providing a gene probe array including a plurality of genetic probes having different receptors. The sample is processed to include at least one fluorescently tagged ligand. The array is hybridized by exposing the probes to the processed sample such that ligands can bind to complementary receptors. Composite data having a data dynamic range is obtained from the array using an optical scanner which has a scanner dynamic range that is smaller than the data dynamic range. The scanner optically irradiates and scans the probes and detects fluorescent emissions at a first wavelength which is selected such that the scanner produces valid first data in a low intensity portion of the data dynamic range and is in saturation in at least part of a high intensity portion of the data dynamic range. The scanner then optically irradiates and scans the probes with light and detects fluorescent emissions at a second wavelength which is selected such that the scanner produces valid second data in a high intensity portion of the data dynamic range and is in cutoff in at least part of a low intensity portion of the data dynamic range. A scale factor correlation function is calculated between the first data and the second data, and is applied to convert the second data to have a same scale factor as the first data. The first data for the first portion of the data dynamic range is combined with the converted second data for the second portion of the data dynamic range to obtain the composite data. A predetermined analysis procedure is then applied to the composite data.
Selon cette invention, on analyse un échantillon génétique grâce à un réseau de sondes géniques qui comprend plusieurs sondes géniques possédant des récepteurs différents. L'échantillon est traité pour comprendre au moins un ligand étiqueté par fluorescence. Le réseau est hybridé par l'exposition des sondes à l'échantillon traité qui permet aux ligands de se lier aux récepteurs complémentaires. A partir du réseau, on obtient des données composites comprenant une plage de données dynamiques au moyen d'un scanner numérique qui possède une plage dynamique de scanner inférieure à la plage dynamique des données. Le scanner éclaire et balaie optiquement les sondes et détecte les émissions fluorescentes à une première longueur d'ondes, sélectionnée de manière à ce que le scanner produise une première portion de données valables dans un segment de faible intensité de la plage dynamique des données et qu'il soit en saturation dans au moins une partie du segment de forte intensité de la plage dynamique des données, après quoi le scanner éclaire avec de la lumière et balaie optiquement les sondes et détecte les émissions fluorescentes à une deuxième longueur d'ondes, sélectionnée de manière à ce que le scanner produise une deuxième portion de données valables dans un segment de forte intensité de la plage dynamique des données et qu'il soit coupé dans au moins une partie du segment de faible intensité de la plage dynamique des données. Une fonction de corrélation des facteurs d'échelle est calculée entre les première et deuxième portions de données puis appliquée pour convertir la deuxième portion de données afin qu'elle ait le même facteur d'échelle que la première portion de données. La première portion de données pour le premier segment de la plage dynamique est combinée avec la deuxième portion de données convertie pour le deuxième segment de la plage dynamique de données, et ce pour obtenir les données composites. Une procédure d'analyse prédéterminée est ensuite appliquée aux données composites.
Berno Anthony J.
Ghandour Ghassan
Phillips Vincent E.
Ryder Thomas
Tran Huu Minh
Affymetrix Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
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