G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/50 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01)
Patent
CA 2663685
A method of searching for a ligand capable of binding to a target biological macromolecule which comprises: (1) the step wherein each of a plural number of low molecular compounds is subjected to docking simulation based on the three-dimensional structural data thereof and the three-dimensional structural data of the ligand-binding region in the target macromolecule to thereby calculate the docking score of the low molecular compound and acquire the three-dimensional positional data required for stable binding of the corresponding low molecular compound within the binding region as described above; (2) the step wherein all three-dimensional positional data of one or more molecular fragments are acquired based on the three-dimensional positional data acquired above for each of the low molecular compounds involved in the higher docking score group; (3) the step wherein the three-dimensional positional data of the molecular fragments acquired above are counted for each of the molecular fragments; (4) the step wherein the kind and three-dimensional positional data of a molecular fragment showing a tendency toward localization are selected based on the counting data as described above; and (5) the step wherein one or more molecular fragments are selected from among characteristic molecular fragments thus selected and a compound satisfying the same is determined.
L'invention concerne un procédé de recherche d'un ligand capable de se fixer sur une macromolécule biologique cible comprenant : (1) une étape consistant à soumettre chacun d'une pluralité de composés de faible poids moléculaire à une simulation d'amarrage sur la base des données structurelles tridimensionnelles de celui-ci et des données structurelles tridimensionnelles de la région de fixation du ligand dans la macromolécule cible, afin de calculer la note d'amarrage du composé de faible poids moléculaire et d'acquérir les données de position tridimensionnelles nécessaires à la fixation stable du composé de faible poids moléculaire correspondant à l'intérieur de la région de fixation décrite ci-dessus ; (2) une étape consistant à acquérir toutes les données de position tridimensionnelles d'un ou plusieurs fragments moléculaires sur la base des données de position tridimensionnelles préalablement acquises pour chacun des composés de faible poids moléculaire appartenant au groupe ayant une meilleure note d'amarrage ; (3) une étape consistant à compter les données de position tridimensionnelles des fragments moléculaires préalablement acquises, pour chacun des fragments moléculaires ; (4) une étape consistant à sélectionner le type et les données de position tridimensionnelles d'un fragment moléculaire présentant une tendance à la localisation, sur la base des données de comptage décrites ci-dessus ; et (5) une étape consistant à sélectionner un ou plusieurs fragments moléculaires parmi les fragments moléculaires caractéristiques ainsi sélectionnés et à déterminer un composé correspondant à ceux-ci.
Fujita Shigeo
Orita Masaya
Astellas Pharma Inc.
Dennison Associates
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1439907