G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/50 (2006.01) C07D 209/42 (2006.01) C07D 295/18 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01)
Patent
CA 2306822
The method to rapidly retrieve potentially active analogs of a lead compound according to the invention generates and screens from a large database of 3D multiconformational fingerprints of chemically feasible combinatorial products mainly by linking radicals temporarily to a bulky spacekeeper group, registering 3D models of the radicals in a combinatorial ghost database, for any molecular structure that is accessible within the ghost database, detecting any atom that displays physical property features of the pharmacophoric type; for the pairs of pharmacophores detected in each molecular structure, calculating all the distances between the involved atoms in every conformation of this molecule and creating a distance distribution density; generating a conformational fingerprint vector that contains all the distance distribution densities of the pairs of pharmacophores; defining a scoring function for each molecular fingerprint according for the relative importance of the pharmacophoric features; generating the fingerprints for the lead compound and comparing these fingerprints to each fingerprint of the potential library according to the above scoring function as maximized for the lead, and retrieving the molecules of the potential library for which the scoring function gives score values less than a specified threshold.
L'invention concerne un procédé permettant d'extraire rapidement des analogues, potentiellement actifs, de composés de plomb. Ce procédé consiste à générer et cribler à partir d'une importante base de données, des empreintes à plusieurs conformations tridimensionnelles de produits de combinaison physiquement possibles, essentiellement en liant des radicaux temporairement à un groupe compact. Ce procédé consiste ensuite à enregistrer des modèles tridimensionnels de radicaux dans une base de données fantôme de produits de combinaison, pour toute structure moléculaire accessible au sein de la base de données fantôme, à détecter tout atome présentant des caractéristiques de propriétés physiques du type pharmacophorique. Pour les paires de pharmacophores détectés dans chaque structure moléculaire, ce procédé consiste à calculer toutes les distances entre les atomes impliqués dans chaque conformation de cette molécule et à créer une densité de répartition de distance; à générer un vecteur d'empreinte de conformation qui contient toutes les densités de distribution de distances des paires de pharmacophores; à définir une fonction de calcul pour chaque empreinte moléculaire représentant l'importance relative des caractéristiques pharmacophoriques; à générer les empreintes pour le composé de plomb et comparer ces empreintes avec chaque empreinte de la bibliothèque potentielle selon la fonction de calcul susmentionnée, maximisée pour le plomb et extraire les molécules de la bibliothèque potentielle pour laquelle la fonction de calcul donne des valeurs inférieures à un seuil spécifié.
Cerep
Robic
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1465754