C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) G01N 33/574 (2006.01)
Patent
CA 2194697
Rapid and cost effective diagnosis of p53 mutations of a sample of patients is achieved by employing a selected plurality of diagnostic tools, in a hierarchy of increasing accuracy and cost per tool, in which each tool detects essentially no false positives. Diagnostic tests that may be included among the plurality of tests selected include, in order of increasing accuracy and cost: (a) immunoassays; (b) analysis of DNA from a patient sample by quantitative amplification of p53 exons using amplification primers complementary to intron regions flanking each exon and examination of the length or quantity of each amplified fragment for nucleotide insertions or deletions relative to the normal p53 gene. Preferably, the amplification primers are multiplexed so that more than one DNA fragment is amplified in a single vessel, using sets of primers which provide gene fragments of distinctive lengths when used to amplify a normal p53 gene; and (c) analysis of DNA from a patient sample by DNA sequencing of the p53 gene beginning with the sequencing of those regions most likely to harbor point mutations, and proceeding to sequence regions less likely to harbor point mutations.
On effectue le diagnostic rapide et efficace du point de vue du coût des mutations de p53 sur un échantillon de patients à l'aide de plusieurs instruments de diagnostic sélectionnés qui sont classés suivant une hiérarchie dans laquelle la précision et le coût de chaque instrument vont croissant, chaque instrument ne détectant sensiblement aucun faux positif. Des tests de diagnostic pouvant être inclus dans la pluralité de tests sélectionnés comprennent par ordre croissant de précision et de coût: (a) des dosages immunologiques; (b) l'analyse d'ADN provenant d'un patient échantillon par amplification quantitative des exons de p53 à l'aide d'amorces d'amplification complémentaires à des régions d'intron situées sur les flancs de chaque exon et l'examen de la longueur ou de la quantité de chaque fragment amplifié pour rechercher des insertions ou des délétions de nucléotides par rapport au gène p53 normal. De préférence les amorces d'amplification sont multiplexées de sorte que plus d'un fragment d'ADN soit amplifié dans une seule cuve, à l'aide de groupes d'amorces qui produisent des fragments de gène de longueurs distinctes lorsqu'on les utilise pour amplifier un gène p53 normal; et (c) l'analyse d'ADN provenant d'un patient échantillon, par séquençage de l'ADN du gène p53 commençant avec le séquençage des régions les plus susceptibles de contenir des mutations ponctuelles et se poursuivant par le séquençage des régions les moins susceptibles de contenir des mutations ponctuelles.
Diamandis Eleftherios
Dunn James M.
Stevens John K.
Bayer Healthcare Llc
Diamandis Eleftherios
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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