Method to identify constituent proteins by peptides profiling

Details Method to identify constituent proteins by peptides profiling Method to identify constituent proteins by peptides profiling

G - Physics

01

N

G01N 27/00 (2006.01) G06F 19/22 (2011.01) C40B 30/10 (2006.01) G01N 30/86 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2487821

This invention describes the use of peptide profiling to identify, characterize, and classify biological samples. In complex samples, many thousands of different peptides will be present at varying concentrations. The invention uses liquid chromatography and similar methods to separate peptides, which are then identified and quantified using mass spectrometry. By identification it is meant that the correct sequence of the peptide is established through comparisons with genome sequence databases, since the majority of peptides and proteins are unannotated and have no ascribed name or function. Quantification means an estimate of the absolute or relative abundance of the peptide species using mass spectrometry and related techniques including, but not limited to, pre- or post-experimental stable or unstable isotope incorporation, molecular mass tagging, differential mass tagging, and amino acid analysis.

L'invention concerne l'utilisation de profil peptidique pour identifier, caractériser et classifier des échantillons biologiques. Dans des échantillons complexes, plusieurs milliers de peptides différents sont présents à des concentrations variables. L'invention utilise la chromatographie en phase liquide et des procédés similaires pour séparer les peptides qui sont alors identifiés et quantifiés par spectrométrie de masse. Par <= identification >=, onentend que la séquence correcte du peptide est établie par comparaison avec des bases de données de séquence génome, du fait que la majorité des peptides et des protéines ne sont pas annotés et n'ont pas de nom attribué ou de fonction attribuée. L'invention concerne des moyens de quantification d'une estimation de l'abondance absolue ou relative de l'espèce peptidique par spectrométrie de masse, ainsi que des techniques apparentées comprenant, sans caractère limitatif, l'incorporation d'isotope stable ou instable pré-expérimentale ou post-expérimentale, le marquage de masse moléculaire, le marquage de masse différentielle et l'analyse des aminoacides.

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