G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2468601
Methods and apparatus for use in complex genetics classification are disclosed. In one illustrative example, a method is performed using data from a sample population which includes counts of individuals in the sample population associated with both a particular diploid haplotype pair and a particular genetic trait class. A correspondence to analysis (COA) on the data from the sample population is performed (at least in part) so as to determine a first plurality of n-dimensional coordinates for each diploid haplotype pair and a second plurality of n-dimensional coordinates for each genetic trait class. A linear or quadratic classification analysis is then performed based on the first and the second pluralities of n-dimensional coordinates and diploid haplotype pairs of the at least two genes from an individual sample. Advantageously, the individual sample can be accurately classified into one of the genetic trait classes using the method.
L'invention concerne un appareil et des procédés utilisés dans la classification génétique complexe. A titre d'exemple, on utilise un procédé faisant intervenir les données d'une population d'échantillons qui comprennent les numérations des individus de ladite population associées à la fois à une paire d'haplotypes diploïdes particuliers et à une classe de caractères génétiques particuliers. Une analyse de correspondance (COA) est appliquée aux données relatives à la population d'échantillons (au moins, en partie) en vue de déterminer une première pluralité de coordonnées à n dimensions pour chaque paire d'haplotypes diploïdes ainsi qu'une seconde pluralité de coordonnées à n dimensions pour chaque classe de caractères génétiques. Une analyse de classification linéaire ou quadratique est ensuite appliquée sur la base des première et seconde pluralités des coordonnées à n dimensions et des paires d'haplotypes diploïdes desdits deux gènes au moins provenant d'un échantillon individuel. Ce procédé permet avantageusement de classer avec précision l'échantillon individuel dans une des classes de caractères génétiques
Frudakis Tony Nick
Kondragunta Venkateswarlu
Natarajan Sivamani
Dnaprint Genomics Inc.
Sim & Mcburney
LandOfFree
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