G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/30 (2006.01) G06K 9/62 (2006.01)
Patent
CA 2315147
In a sequence homology detection aspect of the invention, a computer-based method of detecting homologies between a plurality of sequences in a database and a query sequence comprises the following steps. First, the method includes accessing patterns associated with the database, each pattern representing at least a portion of one or more sequences in the database. Next, the query sequence is compared to the patterns to detect whether one or more portions of the query sequence are homologous to portions of the sequences of the database represented by the patterns. Then, a score is generated for each sequence detected to be homologous to the query sequence, wherein the sequence score is based on individual scores generated in accordance with each homologous portion of the sequence detected, and the sequence score represents a degree of homology between the query sequence and the detected sequence.
La présente invention se rapporte à un procédé informatisé permettant la détection d'homologies entre une pluralité de séquences d'une base de données et une séquence et une séquence d'interrogation. Ledit procédé consiste, premièrement, à accéder à des modèles associés à la base de données, chacun de ces modèles représentant au moins une partie d'une ou de plusieurs séquences de la base de données; deuxièmement à comparer la séquence d'interrogation auxdits modèles de manière à détecter si une ou plusieurs parties de la séquence d'interrogation sont homologues aux parties des séquences de la base de données représentées par les modèles; troisièmement à attribuer une note à chacune des séquences détectées qui s'avère homologue à la séquence d'interrogation, la note de chaque séquence étant fonction des notes individuelles générées conformément à chaque partie homologue de la séquence détectée, et la note de séquence représente un degré d'homologie entre la séquence d'interrogation et la séquence détectée.
Floratos Aris
Rigoutsos Isidore
International Business Machines Corporation
Wang Peter
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1597108