Methods and reagents for detecting target binding by nucleic...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01) C07H 19/00 (2006.01) C07H 21/02 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) G01N 33/543 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) A61K 38/00 (2006.01)

Patent

CA 2476309

The present invention provides novel methods and reagents for detecting the binding of protein targets to nucleic acid ligands. Using Universal Protein Stains (UPS), proteins bound by nucleic acid ligands may be labeled with a detectable moiety. The methods and reagents are particularly useful for the detection of protein targets bound to multiplexed arrays of nucleic acid ligands. The present invention also provides novel methods for the multiplexed evaluation of photocrosslinking nucleic acid ligands. The methods allow one simultaneously to: (1) evaluate the performance (dynamic range) of a plurality of photocrosslinking nucleic acid ligands; and (2) assess the specificity of each photocrosslinking nucleic acid ligand for its cognate target protein. Photocrosslinking nucleic acid ligands with the most desirable properties can then be selected for use in diagnostic and prognostic medical assays. The present invention also provides a photocrosslinking nucleic acid ligand that binds specifically to HIV gp120MN.

La présente invention concerne de nouvelles méthodes et des réactifs permettant de détecter la liaison de cibles protéiques à des ligands d'acides nucléiques. Au moyen de taches protéiques universelles (UPS), des protéines liées par des ligands d'acides nucléiques peuvent être étiquetées avec un groupe caractéristique décelable. Ces méthodes et ces réactifs sont particulièrement utilisés pour détecter des cibles protéiques liées à des réseaux multiplexés de ligands d'acides nucléiques. Cette invention concerne aussi de nouvelles méthodes destinées à l'évaluation multiplexée de ligands d'acides nucléiques à photoréticulation. Lesdites méthodes permettent simultanément (1) d'évaluer l'efficacité (portée dynamique) d'une pluralité de ligands d'acides nucléiques à photoréticulation, et (2) d'estimer la spécificité de chaque ligand d'acide nucléique à photoréticulation pour sa protéine cible parent. Des ligands d'acides nucléiques à photoréticulation dotés des propriétés les plus souhaitables peuvent alors être sélectionnés pour être utilisés dans des dosages médicaux de diagnostic et de pronostic. Cette invention a également trait à un ligand d'acide nucléique à photoréticulation qui se lie spécifiquement à gp120MN du VIH.

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