G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/00 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01)
Patent
CA 2548882
A method implemented in the form of a computer simulation code for evaluating the free energy of binding between polypeptide amino acid residues and one or more molecular fragment types is presented. The basis of the method is a novel weighted Metropolis Monte Carlo approach for sampling the grand canonical ensemble. By making use of the properties of the grand canonical ensemble, the affinity of fragments for binding in the vicinity of each protein residue can be efficiently computed. The binding volume associated to each fragment- residue pair is estimated on the basis of a simple proximity criteria, and a useful affinity mapping of the protein surface can be obtained in this way. The analysis of such data for various fragment types provides valuable information to help identify protein binding sites, as well as to identify key fragments used for building potential drug leads
L'invention concerne un procédé mis en oeuvre sous la forme d'un code de simulation informatique pour évaluer l'énergie libre de liaison entre des résidus d'acides aminés polypeptidiques et un ou plusieurs types de fragments moléculaires. Le procédé se fonde sur une nouvelle approche de Monté Carlo pondérée en matière d'échantillonnage de l'ensemble grand-canonique. En utilisant les propriétés de cet ensemble, on peut efficacement calculer l'affinité des fragments de liaison à proximité de chaque résidu protéique. Le volume de liaison associé à chaque paire de fragment-résidu est estimé sur la base d'un simple critère de proximité, et on peut obtenir ainsi une cartographie d'affinité utile de la surface protéique. L'analyse de ces données pour divers types de fragments donne de précieuses informations qui contribuent à identifier des sites de liaison protéique, ainsi que des fragments essentiels servant à construire des pistes thérapeutiques potentielles.
Brunner Stephan
Chiang William
Hollinger Frank P.
Mosenkis David
Locus Pharmaceuticals Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2024670