C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/20 (2011.01) G06F 17/10 (2006.01)
Patent
CA 2498414
The invention relates to methods and systems for predicting or estimating the melting temperature of duplex nucleic acids, particularly duplexes of oligonucleotides which may be used, for example, as primers or probes in PCR and/or hybridization assays. The invention also relates to methods and systems for designing and selecting oligonucleotide probes and primers having a predicted melting temperature which is optimized for such assays. To this end, algorithms and methods are provided for predicting the melting temperature of a nucleic acid having a predetermined sequence. These methods and algorithms estimate the melting temperature of a nucleic acid duplex under particular salt conditions. The methods and algorithms use novel formulas, having terms and coefficients that are functions of the particular nucleotide sequence, to estimate the effect of particular salt conditions on the melting temperature. As such, the methods and systems of the invention provide superior result compared to existing methods, which do not consider sequence dependent effects of changing salt conditions. ~
L'invention concerne des procédés et des systèmes de prédiction ou d'estimation de la température de fusion d'acides nucléiques duplex, notamment de duplex d'oligonucléotides pouvant être utilisés, par exemple, en tant qu'amorces ou sondes dans des tests PCR et/ou d'hybridation. L'invention porte également sur des procédés et des systèmes pour concevoir et sélectionner des sondes et des amorces olignucléotidiques possédant une température de fusion prédite optimisée pour ces tests. A cet effet, des algorithmes et des procédés sont prévus pour la prédiction de la température de fusion d'un acide nucléique possédant une séquence prédéterminée. Ces procédés et algorithmes permettent d'estimer la température de fusion d'un duplex d'acide nucléique dans des conditions de concentration saline particulières. Les procédés et algorithmes utilisent des formules nouvelles contenant des termes et des coefficients dépendant de la séquence nucléotidique particulière, pour estimer l'effet de conditions de concentration de sel particulières sur la température de fusion. Ainsi, les procédés et systèmes de l'invention permettent d'obtenir des résultats supérieurs par rapport aux procédés existants, qui ne tiennent pas compte des effets dépendant de la séquence de la modification de conditions de concentration saline particulières.
Behlke Mark Aaron
Huang Lingyan
Owczarzy Richard
Walder Joseph Alan
Integrated Dna Technologies Inc.
Robic
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1618612