Methods and systems for predicting misfolded protein epitopes

Details Methods and systems for predicting misfolded protein epitopes Methods and systems for predicting misfolded protein epitopes

C - Chemistry, Metallurgy

07

K

C07K 14/47 (2006.01) A61K 39/00 (2006.01) A61K 39/395 (2006.01) A61P 37/04 (2006.01) C07K 7/06 (2006.01) C07K 14/00 (2006.01) C07K 16/00 (2006.01) C07K 16/18 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G06F 19/00 (2011.01) C04B 30/02 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2743361

A method and system to identify an epitope unique to a misfolded form of a protein is provided. Sets of one or more amino acid residues are selected from a model representing the structure of the protein; the free energy of unfolding of each set is determined; and the epitope is identified from the sets having a total probability of unfolding above a minimum probability or a free energy of unfolding below a minimum energy. In other aspects, the invention provides for the use of epitopes identified by the epitope prediction methods, and related antibodies, to diagnose and treat disease and to screen samples for the presence of such epitopes.

L'invention porte sur un procédé et un système pour identifier un épitope unique à une forme mal repliée d'une protéine. Des ensembles d'un ou plusieurs résidus d'acides aminés sont sélectionnés à partir d'un modèle représentant la structure de la protéine ; l'énergie libre de dépliement de chaque ensemble est déterminée ; et l'épitope est identifié à partir des ensembles ayant une probabilité totale de dépliement au-dessus d'une probabilité minimale ou une énergie libre de dépliement au-dessous d'une énergie minimale. Sous d'autres aspects, l'invention porte sur l'utilisation d'épitopes identifiés par les procédés de prédiction d'épitope, et sur des anticorps apparentés, pour diagnostiquer et traiter une maladie et pour cribler des échantillons pour la présence de tels épitopes.

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