Methods and systems for predicting protein function

Details Methods and systems for predicting protein function Methods and systems for predicting protein function

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/00 (2006.01) A61K 38/00 (2006.01) C07K 1/00 (2006.01) C12N 9/00 (2006.01) C12N 9/02 (2006.01) C12N 9/14 (2006.01) C12N 9/22 (2006.01) C12N 9/48 (2006.01) C12N 9/50 (2006.01) C12Q 1/26 (2006.01) C12Q 1/37 (2006.01) C12Q 1/44 (2006.01) G01N 31/00 (2006.01) G01N 33/00 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2340284

The present invention concerns methods and systems for predicting the biological function(s) of proteins. The invention is based on the development of functional site descriptors for discrete protein biological functions. Functional site descriptors are geometric representations of protein functional sites in three-dimensional space, and can also include additional parameters, for example, conformational information. Following their development, one or more functional site descriptors (for one or more different biological funtions) are used to probe protein structures to determine if such structures contain the functional sites described by the corresponding functional site descriptors. If so, the protein(s) containing the functional site(s) are predicted to have the corresponding biological function(s). In preferred embodiments, a library of functional site descriptors is used to probe inexact protein structures derived by computational methods from amino acid sequence information to predict the biological function(s) of such sequences and of the gene(s) encoding the same.

L'invention concerne des procédés et des systèmes de prédiction des fonctions biologiques de protéines se basant sur le développement de descripteurs de sites fonctionnels correspondant à des fonctions biologiques distinctes des protéines. Ces descripteurs de sites fonctionnels sont des représentations géométriques tridimensionnelles des sites fonctionnels des protéines pouvant également inclure des paramètres additionnels tels que des informations de conformation. Une fois développés, on utilise un ou plusieurs de ces descripteurs de sites fonctionnels (pour une ou plusieurs fonctions biologiques différentes) afin de sonder les structures de protéines et de déterminer si elles contiennent les sites fonctionnels décrits par les descripteurs correspondants. Si tel est le cas, on peut prédire que les protéines contenant ces sites fonctionnels présentent les fonctions biologiques correspondantes. Dans des modes de réalisation préférés, on utilise une bibliothèque de descripteurs de sites fonctionnels afin de vérifier les structures imprécises de protéines, dérivées par des méthodes informatiques d'informations sur les séquences d'acides aminés, pour prédire les fonctions biologiques de ces séquences et des gènes codant pour elles.

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