G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/30 (2006.01) G06F 7/02 (2006.01) H01J 49/26 (2006.01)
Patent
CA 2445529
The instant invention provides methods and systems for searching genomic databases using polypeptide sequence information, such as those obtained from peptide sequencing projects, especially those using mass spectrometers. According to the instant invention, polypeptide sequences can be reverse translated into multiple sequence tags wich are then used to search for identical or similar sequences in genomic databases, such as unanotated genomic databases of human or other organisms. Alternatively, the polypeptide sequences can be directly compared to sequences translated from at least 3, preferably all 6 reading frames of genomic sequences. The instant invention also provides systems for performing the methods of the instant invention, including computer systems, and systems including said computer systems and mass spectrometers linked to said computer systems. The instant invention further provides methods of conducting proteomic businesses using the methods of the instant invention.
La présente invention concerne des méthodes et des systèmes de recherche de bases de données génomiques à l'aide d'informations de séquences de polypeptide, telles que celles obtenues à partir de projets de séquençage de peptides, en particulier ceux faisant appel à des spectromètres de masse. Selon la présente invention, des séquences de polypeptides peuvent être traduites par inversion en multiples marques de séquence qui sont ensuite utilisées pour rechercher des séquences identiques ou semblables dans des bases de données génomiques, telles que dans des bases de données génomiques non annotées d'organismes humains ou d'autres organismes. Dans une variante, les séquences de polypeptides peuvent être directement comparées à des séquences traduites dans au moins les 3, de préférence dans chacune des 6 phases de lecture de séquences génomiques. La présente invention concerne également des systèmes de mise en oeuvre desdites méthodes, y compris des systèmes informatiques, et des systèmes comprenant lesdits systèmes informatiques et spectromètres de masse associés auxdits systèmes informatiques. La présente invention concerne également des méthodes permettant de mener des recherches protéomiques à l'aide desdites méthodes.
Mann Matthias
Mortensen Peter
Bereskin & Parr Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
Mds Proteomics Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1691840