C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) C12M 1/40 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2236067
Methods for determining quantities of nucleic acid sequences in samples include the steps of amplifying a plurality of known quantities of a nucleic acid sequence in respective calibration samples and an unknown quantity of a nucleic acid sequence in a test sample, in parallel, during a time interval. These samples may be amplified using an isothermal amplification method such as Strand Displacement Amplification (SDA), or a thermal cycling amplification method such as Polymerase Chain Reaction (PCR), for example. Indicia of the quantities of a nucleic acid sequence being amplified in the calibration and test samples are then measured using conventional techniques, at measurement points in the time interval. Steps are then performed to determine for a first potential cutoff level, a corresponding first set of time points in the time interval at which the indicia of the quantities of a nucleic acid sequence being amplified in each of the calibration samples equal the first cutoff level. This step is then repeated for each of a number of different potential cutoff levels so that respective sets of time points in the time interval can be obtained for each potential cutoff level. According to a preferred aspect of the present invention, a step is then performed to determine, relative to a statistical criterion, which of the sets of points in the time interval better satisfies thestatistical criterion against the known quantities of a nucleic acid sequence in the calibration samples. A quantity of a nucleic acid sequence in the test sample is then determined based on the set of points determined to better or best satisfy the statistical criterion. The accuracy of the determination can also be improved using a relatively large number of potential cutoff levels.
Des méthodes d'analyse quantitative des séquences d'acides nucléiques dans des échantillons comprennent l'amplification, en parallèle, d'une série de quantités connues d'une séquence d'acides nucléiques dans des échantillons étalons respectifs et d'une quantité inconnue d'une séquence d'acides nucléiques dans un échantillon à analyser pendant un intervalle de temps. Ces échantillons peuvent être amplifiés par une méthode d'amplification isotherme, comme l'amplification par déplacement de brins (SDA), ou par une méthode d'amplification avec variations cycliques de la température, comme l'amplification par réaction en chaîne de la polymérase (PCR), par exemple. Les indices des quantités d'une séquence d'acides nucléiques qui est amplifiée dans les échantillons étalons et à analyser sont alors mesurés au moyen de techniques classiques, à des points de mesure dans l'intervalle de temps. On détermine alors une première valeur seuil potentielle, une première série correspondante de points dans l'intervalle de temps pendant lequel les indices des quantités d'une séquence d'acides nucléiques amplifiée dans chacun des échantillons étalons sont égaux à la première valeur seuil. Cette étape est alors répétée pour chacun d'un certain nombre de valeurs seuils potentielles différentes de sorte que les séries respectives de points dans l'intervalle de temps puissent être obtenues pour chaque valeur seuil potentielle. Selon un aspect préféré de l'invention, on détermine ensuite, par rapport à un critère statistique, laquelle des séries de points dans l'intervalle de temps répond le mieux au critère statistique en regard des quantités connues d'une séquence d'acides nucléiques dans les échantillons étalons. On quantifie alors une séquence d'acides nucléiques dans l'échantillon à analyser d'après la série de points qui répond le plus ou mieux au critère statistique. La quantification peut être plus exacte si on utilise un nombre relativement important de valeurs seuils potentielles.
Becton Dickinson And Company
Gowling Lafleur Henderson Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1796784