G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 19/18 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01)
Patent
CA 2680622
Methods, computer-accessible medium, and systems for generating a genome wide probe map and/or a genome wide haplotype sequence are provided. In particular, a genome wide prob map can be generated by obtaining a plurality of detectable oligonucleotide probes hybridized to at least one double stranded nucleic acid molecule cleaved with at least one restriction enzyme, and detecting the location of the detectable oligonucleotide probes. For example, genome wide haplotype sequence can be generated by analyzing at least one genome wide restriction map in conjunction with at least one genome wide probe map to determine distances between restriction sites of the at least one genome wide restriction map and locations of detectable oligonucleotide probes of the at least one genome wide probe map and defining a consensus map indicating restriction sites based on each of the at least one genome wide restriction map and locations of detectable oligonucleotide probes based on each of the at least one genome wide probe map.
L'invention concerne des procédés, un support accessible par ordinateur et des systèmes pour générer une carte de sonde sur tout le génome et/ou une séquence d'haplotype sur tout le génome. En particulier, une carte de sonde sur tout le génome peut être générée en obtenant une pluralité de sondes d'oligonucléotides détectables hybridées sur au moins une molécule d'acide nucléique double brin clivée avec au moins une enzyme de restriction, et en détectant l'emplacement des sondes d'oligonucléotides détectables. Par exemple, une séquence d'haplotype sur tout le génome peut être générée en analysant au moins une carte de restriction sur tout le génome conjointement avec au moins une carte de sonde sur tout le génome pour déterminer les distances entre les sites de restriction d'au moins une carte de restriction sur tout le génome et des emplacements de sondes d'oligonucléotides détectables d'au moins une carte de sonde sur tout le génome et en définissant une carte de consensus indiquant les sites de restriction en se basant sur chacune des cartes de restriction sur tout le génome et des emplacements de sondes d'oligonucléotides détectables en se basant sur chacune d'au moins une carte de sonde sur tout le génome.
Anantharaman Thomas
Lim Sang
Mishra Bhubaneswar
New York University
Smart & Biggar
LandOfFree
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