Methods for detection of differences in nucleic acids

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2402483

The present invention provides methods for detecting the presence or absence of a difference between two related nucleic acid sequences. In the methods, a target nucleic acid and a reference nucleic acid are contacted under conditions in which they are capable of forming a four-way nucleic acid complex with a branch structure that is capable of migration. Under the contact conditions, if the reference nucleic acid and target nucleic acid are identical, branch migration is capable of going to completion resulting in complete strand exchange. If the reference nucleic acid and target nucleic acid are different, branch migration does not go to completion, resulting in a stable four-way complex. Detection of the stable four-way complex identifies the presence of a difference between the nucleic acids. A stable four-way complex can be detected with molecules that specifically bind such complexes, by gel electrophoresis or by specific isolation of the stable four-way complex.

La présente invention concerne des méthodes permettant de détecter la présence ou l'absence d'une différence entre deux séquences d'acides nucléiques apparentées. Lesdites méthodes consistent à mettre en contact un acide nucléique cible et un acide nucléique de référence dans des conditions où ils peuvent former un complexe d'acide nucléique à quatre branches possédant une structure susceptible de migrations. Dans ces conditions de contact, si l'acide nucléique de référence et l'acide nucléique cible sont identiques, la migration entre les branches peut s'effectuer jusqu'à son terme et résulter en un échange de brins complet. Si l'acide nucléique de référence et l'acide nucléique cible sont différents, la migration entre les branches n'arrive pas à son terme, ce qui entraîne la création d'un complexe à quatre branches stable. Pour identifier la présence d'une différence entre les acides nucléiques, on utilise ledit complexe à quatre branches stable. Ledit complexe à quatre branches stable peut également être détecté à l'aide de molécules se liant spécifiquement à ces complexes, soit par électrophorèse sur gel soit par isolement spécifique du complexe à quatre branches stable.

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