C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) A01N 1/02 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01)
Patent
CA 2366657
Methods are provided for the analysis and determination of the nature of single nucleic acid polymorphisms (SNPs) in a genetic target. In one method of this invention, the nature of the SNPs in the genetic target is determined by the steps of providing a plurality of hybridization complexes arrayed on a plurality of test sites on an electronically bioactive microchip, where the hybridization complex includes at least a nucleic acid target containing an SNP, a stabilizer probe having a sequence complementary to the target sequence and/or reporter probe, and a reporter probe having a selected sequence complementary to either the stabilizer or the same target sequence strand wherein a selected sequence of the reporter includes either a wild type nucleotide or a nucleotide corresponding to the SNP of the target. In accordance with the invention, the stabilizer, reporter and target amplicons are hybridized using electronic assistance of the microchip system such that base-stacking energies are utilized in discerning among other identifying indicators, the presence of wild type or polymorphism sequence. Applications include disease diagnostics, such as for the identification of polymorphisms in structural genes, regulatory regions, antibiotic or chemotherapeutic resistance conferring regions, or for SNPs associated with speciation or used for determination of genetic linkage.
L'invention concerne des procédés permettant l'analyse et la détermination de la nature de polymorphismes singuliers de nucléotides (SNP) dans une cible génétique. Selon un procédé de la présente invention, la nature des SNP dans la cible génétique est déterminée par fourniture de plusieurs complexes d'hybridation disposés sur plusieurs sites d'essais placés sur une puce électroniquement bioactive. Le complexe d'hybridation comprend au moins une cible d'acide nucléique contenant un SNP, une sonde de stabilisant dont la séquence est complémentaire à la séquence cible et/ou à la sonde reporteur, et une sonde reporteur ayant une séquence sélectionnée complémentaire au stabilisant ou au même brin de séquence cible, une séquence sélectionnée du reporteur comprenant un nucléotide de type sauvage ou un nucléotide correspondant au SNP de la cible. Selon cette invention, les amplicons stabilisant, reporteur et cible sont hybridés au moyen d'une assistance électronique du système de puce de façon que des énergies d'empilement de bases soient utilisées pour détecter, parmi d'autres indicateurs d'identification, la présence d'une séquence de polymorphisme ou de type sauvage. Parmi les applications de la présente invention, on trouve les diagnostics de maladies, tels que l'identification de polymorphismes dans des gènes structuraux, des zones régulatrices, des zones conférant une résistance antibiotique ou chimiothérapeutique, ou des SNP associés à la spéciation ou utilisées pour déterminer la liaison génétique.
Canter David M.
Nerenberg Michael I.
O'connell James P.
Radtkey Ray R.
Sosnowski Ronald G.
Nanogen Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1948560