G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/483 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) H01J 49/00 (2006.01) H01J 49/04 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2425798
Methods and apparatuses for deriving the sequence of an oligomer. In one exemplary method for deriving the sequence of a polypeptide, a predetermined set of mass/charge values for amino acid sequences is stored. An abundance value from mass spectrum data for each mass/charge value in the predetermined set is determined to produce a plurality of abundance values. A first ranking, based on the plurality of abundance values, is calculated for each sequence of a set of amino acid sequences having a first number of amino acids. A second ranking, based on the plurality of abundance values, for each sequence of a set of amino acid sequences having a second number of amino acids is calculated. A cumulative ranking, based on the first ranking and the second ranking, is calculated for each sequence of a set of amino acid sequences having at least the second number of amino acids.
Procédés et dispositifs servant à calculer la séquence d'un oligomère. Un procédé cité pour exemple servant à calculer la séquence d'un polypeptide consiste à mémoriser un ensemble prédéterminé de valeurs de masse et de charge de séquences aminoacides. On détermine une valeur d'abondance à partir des données de spectre de masse pour chaque valeur de masse/charge de l'ensemble prédéterminé afin de produire une pluralité de valeurs d'abondance. On calcule un premier classement en fonction de la pluralité de valeurs d'abondance pour chaque séquence d'un ensemble de séquences aminoacides possédant un premier nombre d'acides aminés. On calcule un deuxième classement en fonction de la pluralité de valeurs d'abondance, pour chaque séquence d'un ensemble de séquences aminoacides possédant un deuxième nombre d'acides aminés. On calcule un classement cumulé basé sur le premier et sur le deuxième classement pour chaque ensemble d'un ensemble de séquences aminoacides possédant au moins le deuxième nombre d'acides aminés.
Hall Michael P.
Petesch Robert
Schneider Luke V.
Riches Mckenzie & Herbert Llp
Target Discovery Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2006660