C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2379212
The present invention provides materials and methods which may be used to evaluate one or more different probes and select probes that are optimized for sensitivity and specificity for a particular target. In particularly preferred embodiments, the methods and compositions of the invention can be used to evaluate polynucleotide probes having different nucleotide sequences. The methods and compositions thereby allow a user to select a polynucleotide probe, (e.g.), having a particular nucleotide sequence, that is optimized for sensitivity and/or for specificity for a particular target polynucleotide molecule. In particularly preferred embodiments, the methods and compositions can be used to evaluate a plurality of probes simultaneously, such as on a microarray. Probes evaluated according to the methods of the invention can be selected for and used to detect a variety of molecules, including a variety of polynucleotides, such as genomic polynucleotides (e.g., genomic DNA) and genomic transcripts (e.g.), mRNAs or cDNA sequences derived from there) as well as gene copy numbers of specific transcripts, single nucleotide polymorphisms, (etc.).
La présente invention concerne des procédés et matériaux convenant à l'évaluation d'une ou de plusieurs sondes différentes et à la sélection de sondes optimisées quant à leur sensibilité et leur spécificité pour une cible particulière. Selon des réalisations préférées en particulier, les procédés et compositions de l'invention conviennent à l'évaluation de sondes polynucléotides portant différentes séquences de nucléotides. Ces procédés et compositions permettent ainsi à l'utilisateur de sélectionner une sonde polynucléotide, portant une séquence nucléotide particulière notamment, optimisée quant à sa sensibilité et/ou sa spécificité pour une molécule nucléotide cible particulière. Selon des réalisations préférées en particulier, les procédés et compositions de l'invention conviennent à l'évaluation en simultané d'une pluralité de sondes, comme sur un jeu ordonné de microéchantillons. Les sondes que l'on a utilisées pour l'évaluation selon les procédés de l'invention sont sélectionnables et utilisables pour la détection de diverses molécules, et notamment de divers polynucléotides tels que les polynucléotides génomiques, tels que l'ADN génomique, et les transcriptions génomiques, telles que les séquences d'ARN médiateurs ou d'ADN complémentaire qui en sont dérivées, mais aussi degrés de filiation géniques, notamment de transcriptions spécifiques, et de différents polymorphismes de nucléotides.
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1750709