Methods for genotyping by hybridization analysis

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2404472

This invention provides methods for determining the genotype of organisms by hybridization analysis and, more specifically, to establishing the relatedness of individual organisms within a species. The present invention provides addressable arrays, comprising diversity panels of nucleic acid molecules, in which the molecules on the array are addressable or uniquely identifiable in some fashion. A diversity panel is the result of a method that can distinguish sequence differences between nucleic acid samples. As taught herein, a variety of methods may be used to generate diversity panels. Subsequent to the generation of the diversity panel, the nucleic acid products of the diversity panel are separated for application onto an array. The separated diversity panel is then delivered onto a substrate to create an addressable array and hybridized with labeled nucleic acids. The genotype of an organism is determined by the pattern of hybridization.

L'invention concerne des procédés permettant de déterminer le génotype d'organismes par analyse d'hybridation et en particulier en établissant la parenté des organismes individuels à l'intérieur d'une espèce. L'invention concerne également des jeux d'échantillons ordonnés adressables, comportant des panneaux divers de molécules d'acide nucléique, dans lesquels les molécules sur les jeux d'échantillons ordonnés sont adressables ou uniquement identifiables d'une certaine manière. Un panneau de diversité résulte d'un procédé pouvant distinguer les différences de séquence entre les échantillons d'acide nucléique. Comme nous l'avons déjà mentionné, divers procédés peuvent être utilisés afin de générer le panneau de diversité. Après la production dudit panneau de diversité, les produits d'acide nucléique du panneau de diversité sont séparés pour être appliqués sur un jeu d'échantillons ordonné. Le panneau de diversité séparé est ensuite déposé sur un substrat afin de créer un jeu d'échantillons ordonné adressable et hybridé doté d'acides nucléiques marqués. Le génotype d'un organisme est déterminé par le motif d'hybridation.

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