G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/00 (2006.01) C07K 1/04 (2006.01) G06F 17/50 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2368197
A method for constructing a potentially pharmaceutically useful molecule that displays a predefined pharmacophore associated with a desired biological activity is disclosed. The pharmacophore is first used to screen a virtual library of scaffolds, described by three-dimensional coordinates, in order to identify one or more scaffold(s) which could potentially display substituents that alone or together with scaffold atoms comprise a pharmacophore. The screening process involves first placing rotamers from a virtual library of substituents onto each attachment point of each scaffold, and then examining the resultant Virtual Combinatorial Library (VCL) according to one or more parameters required by the pharmacophore. Preferably, the VCLs are filtered with a series of filters of increasing complexity, in order to eliminate those scaffolds incompatible with the pharmacophore of choice and to identify scaffolds which could display substituents compatible with the pharmacophore, as well as the corresponding substituent rotamers themselves. The compatible scaffolds and corresponding substituents are combined to represent one or more molecule or molecules containing the desired pharmacophore. Thus, the method of the present invention is able to efficiently screen very large numbers of molecular entities for the presence of a desired pharmacophore.
L'invention concerne un procédé permettant de constituer une molécule pharmaceutiquement et potentiellement utile qui présente un pharmacophore prédéfini associé à une activité biologique voulue. Le pharmacophore est en premier lieu utilisé pour passer au crible une banque virtuelle d'échafaudages, décrits par des coordonnées tridimensionnelles, afin d'identifier au moins un échafaudage susceptible d'afficher potentiellement des substituants qui, seuls ou avec des atomes d'échafaudage, contiennent un pharmacophore. Le processus de criblage consiste à placer d'abord des rotamères provenant d'une banque virtuelle de substituants sur chaque point de fixation de chaque échafaudage, puis d'examiner la banque combinatoire virtuelle (BCV) obtenue en fonction d'au moins un paramètre requis par le pharmacophore. De préférence, les BCV sont filtrées à l'aide d'une série de filtres de complexité croissante afin d'éliminer les échafaudages incompatibles avec le pharmacophore choisi et d'identifier les échafaudages susceptibles d'afficher des substituants compatibles avec le pharmacophore, voire les rotamères substituants correspondants. Les échafaudages compatibles et les substituants correspondants sont combinés de façon à représenter au moins une molécule contenant le pharmacophore voulu. En conséquence, le procédé permet de cribler efficacement un très grand nombre d'entités moléculaires pour la présence d'un pharmacophore voulu.
Olender Roberto
Rosenfeld Rakefet
Norton Rose Or S.e.n.c.r.l. S.r.l./llp
Peptor Ltd.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2036228