C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/22 (2011.01) C40B 30/02 (2006.01)
Patent
CA 2653256
The present invention relates to methods and algorithms that can be used to identify sequence motifs that are either under- or over-represented in a given nucleotide sequence as compared to the frequency of those sequences that would be expected to occur by chance, or that are either under- or over-represented as compared to the frequency of those sequences that occur in other nucleotide sequences, and to methods of scoring sequences based on the occurrence of these sequence motifs. Such sequence motifs may be biologically significant, for example they may constitute transcription factor binding sites, mRNA stability/instability signals, epigenetic signals, and the like. The methods of the invention can also be used, inter alia, to classify sequences or organisms in terms of their phylogenetic relationships, or to identify the likely host of a pathogenic organism. The methods of the present invention can also be used to optimize expression of proteins.
La présente invention concerne des méthodes et des algorithmes pouvant être utilisés afin d'identifier des motifs de séquence qui sont sous- ou sur-représentés dans une séquence nucléotidique donnée comparé à la fréquence desdites séquences que l'on s'attend à voir apparaître de manière aléatoire, ou qui sont sous- ou sur-représentés comparé à la fréquence desdites séquences qui apparaissent dans d'autres séquences nucléotidiques. L'invention concerne également des méthodes d'évaluation de séquences en fonction de l'occurrence desdits motifs de séquence. Lesdits motifs de séquence peuvent être biologiquement significatifs, par exemple, ils peuvent constituer des sites de liaison de facteurs de transcription, des signaux de stabilité/instabilité d'ARNm, des signaux épigénétiques et analogues. Les méthodes de l'invention peuvent également être utilisés, entre autres, pour classer des séquences ou des organismes en termes de leurs relations phylogénétiques, ou pour identifier l'hôte probable d'un organisme pathogène. Les méthodes de la présente invention peuvent également être utilisées afin d'optimiser l'expression de protéines.
Krasnitz Michael
Levine Arnold
Robins Harlan
Gowling Lafleur Henderson Llp
Institute For Advanced Study
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1699921