C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2348837
The present invention provides methods for enhanced detection of biological response patterns. In one embodiment of the invention, genes are grouped into basis genesets according to the co-regulation of their expression. Expression of individual genes within a geneset is indicated with a single gene expression value for the geneset by a projection process. The expression values of genesets, rather than the expression of individual genes, are then used as the basis for comparison and detection of biological response with greatly enhanced sensitivity. In another embodiment of the invention, biological responses are grouped according to the similarity of their biological profile. The methods of the invention have many useful applications, particularly in the fields of drug development and discovery. For example, the methods of the invention may be used to compare biological responses with greatly enhanced sensitivity. The biological responses that may be compared according to these methods include responses to single perturbations, such as a biological response to a mutation or temperature change, as well as graded perturbations such as titration with a particular drug. The methods are also useful to identify cellular constituents, particularly genes, associated with a particular type of biological response. Further, the methods may also be used to identify perturbations, such as novel drugs or mutations, which effect one or more particular genesets. The methods may still further be used to remove experimental artifacts in biological response data.
La présente invention concerne des procédés permettant une meilleure détection de modèles de réaction biologique. Dans un mode de réalisation de l'invention, les gènes sont regroupés en des ensemble géniques ("genesets") de base en fonction de la co-régulation de leur expression. L'expression de gènes individuels à l'intérieur d'un "geneset" donné est indiquée sur la base de la valeur d'expression d'un gène unique pour le geneset, au moyen d'un processus de projection. On utilise ensuite les valeurs d'expression des "genesets" plutôt que celles de gènes individuels à des fins de comparaison et de détection de réaction biologique, et ce avec un degré de sensibilité sensiblement plus élevé. Dans un autre mode de réalisation de l'invention, les réactions biologiques sont regroupées en fonction de la similitude de leur profil biologique. Les procédés de l'invention ont de nombreuses applications pratiques, notamment dans le domaine de développement et de découverte de médicaments. Ainsi, les procédés de l'invention peuvent être utilisés pour comparer les réactions biologiques avec une sensibilité beaucoup plus élevée. Les réactions biologiques qui peuvent être comparées selon ces procédés comprennent les réactions à des perturbations isolées, par exemple, à une mutation ou à un changement de température, ou à des perturbations graduées telles que le titrage avec un médicament déterminé. Les procédés peuvent aussi servir à identifier des éléments constitutifs cellulaires, notamment des gènes, associés à un type déterminé de réponse biologique. En outre, ces procédés peuvent aussi servir à identifier des perturbations causées par de nouveaux médicaments ou par des mutations, provoquées par un ou plusieurs "genesets" donnés. Les procédés peuvent aussi servir à évacuer des artefacts expérimentaux contenus dans des données relatives à des réactions biologiques.
Friend Stephen H.
He Yudong
Stoughton Roland
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
LandOfFree
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