C - Chemistry – Metallurgy – 07 – K
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
07
K
C07K 14/195 (2006.01) A61K 31/7088 (2006.01) A61K 39/02 (2006.01) A61K 48/00 (2006.01) C07K 14/00 (2006.01) C07K 16/00 (2006.01) C07K 16/12 (2006.01) C12N 15/31 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) A61K 39/00 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01) C40B 30/06 (2006.01) C40B 40/10 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2633793
The invention relates to methods for clustering gene and protein sequences. In particular, it involves generation of networks of sequences where the interconnections are based upon a measure of similarity. The invention also provides methods of optimizing and improving the networks by re-wiring of the network based upon overlap of the nearest neighbors of given pairs of nodes. The invention further provides methods of identifying clusters of sequences within the networks and the optimized networks based upon the topology of the network. The clusters identified represent groups of sequences that are related by function and/or evolution. The invention has particular applicability in annotation of sequences in databases and identification of functional homologs which can be very useful for novel therapeutic and diagnostic targets based upon such targets belonging to a cluster or family that contains a known sequence such as a diagnostic sequence, antigen or other therapeutic target.
La présente invention concerne des procédés de regroupement par familles des gènes et séquences de protéines. L'invention concerne plus particulièrement la génération de réseaux de séquences dans lesquelles les interconnexions se font sur la base d'une mesure de similarité. L'invention concerne également des procédés d'optimisation et d'amélioration des réseaux par recâblage du réseau sur la base des chevauchements des voisins les plus proches de paires de noeuds données. L'invention concerne en outre des procédés permettant d'identifier des familles de séquences à l'intérieur des réseaux et des réseaux optimisés sur la base de la topologie du réseau. Les familles identifiées représentent des groupes de séquences qui sont mises en relations par fonction et/ou évolution. L'invention convient tout particulièrement à l'annotation des séquences dans des bases de données et l'identification d'homologues fonctionnels susceptibles de convenir tout particulièrement comme nouvelles cibles thérapeutiques et de diagnostic, en s'appuyant sur de telles cibles appartenant à un regroupement ou à une famille contenant une séquence connue telle qu'une séquence de diagnostic, un antigène ou une autre cible thérapeutique.
Covacci Antonello
Donati Claudio
Medini Duccio
Borden Ladner Gervais Llp
Novartis Vaccines And Diagnostics S.r.l.
LandOfFree
Methods of clustering gene and protein sequences does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Methods of clustering gene and protein sequences, we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Methods of clustering gene and protein sequences will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1687466