Methods of producing dna and protein libraries

Details Methods of producing dna and protein libraries Methods of producing dna and protein libraries

C - Chemistry, Metallurgy

12

N

C12N 15/10 (2006.01)

Patent

CA 2489464

The present invention provides a method of producing a DNA library comprising a plurality of DNA sequences of interest, where each DNA sequence of interest has at least two predetermined positions, with at each predetermined position a codon (MAX) selected from a defined group for that position, the codons within a group coding for different amino acids. The method comprising the steps of: - (i) contacting so as to effect hybridisation (a) template DNA (A) comprising said at least two predetermined positions, said template DNA being fully randomised at said at least two predetermined positions (NNN), (b) for each predetermined position, a selection oligonucleotide pool, each selection oligonucleotide (B) within each pool comprising a codon (MAX) selected from the defined group for that predetermined position, and (c) at least one additional oligonucleotide sequence (E) comprising a region (E2) which is non- hybridisable to the template DNA, (ii) ligating the hybridised DNA sequences (B, E), (iii) denaturing the product of step (ii) so as to give a mixed population of said template DNA (A) and said DNA sequences of interest, and (iv) selectively amplifying the DNA sequences of interest. The additional oligonucleotide sequence (E) of step (i) is selected such that after step (ii) the non-hybridisable region (E2) is located externally of the template DNA (A) The invention also provides protein and DNA libraries which can be produced by the method of the invention.

La présente invention concerne un procédé de production d'une bibliothèque d'ADN contenant une pluralité de séquences d'ADN pertinentes, chaque séquence d'ADN pertinente ayant au moins deux positions prédéterminées et, à chaque position prédéterminée, un codon (MAX) sélectionné dans un groupe défini pour cette position, les codons d'un groupe codant pour différents acides aminés. Ce procédé comprend les étapes de: - (i) mise en contact de manière à générer une hybridation (a) d'un ADN matrice (A) contenant ces deux ou plus positions prédéterminées, cet ADN matrice étant réparti entièrement au hasard sur ces deux ou plus positions prédéterminées (NNN), (b) pour chaque position prédéterminée, d'un ensemble oligonucléotidique de sélection, chaque oligonucléotidique de sélection (B) de chaque ensemble comportant un codon (MAX) sélectionné dans le groupe défini pour cette position prédéterminée, et (c) au moins une séquence oligonucléotidique additionnelle (E) comprenant une zone (E¿2?) qui est non hybridable à l'ADN matrice, (ii) ligature des séquences d'ADN hybridées (B, E), (iii) dénaturation du produit de l'étape (ii) pour obtenir une population mixe de cet ADN matrice (A) et de ces séquences d'ADN pertinentes, et (iv) amplification sélective des séquences d'ADN pertinentes. La séquence oligonucléotidique additionnelle (E) de l'étape (i) est sélectionnée de telle manière qu'après l'étape (ii) la zone non hybridable (E¿2?) est située à l'extérieur de l'ADN matrice (A). L'invention concerne également les bibliothèques de protéines et d'ADN pouvant être générées par le procédé selon l'invention.

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