C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2687218
Disclosed are methods and compositions for detecting variation in nucleic acids. The disclosed method compares the sequence of a nucleic acid of interest with the sequence of a reference nucleic acid to sensitively identify variations between the sequence of a nucleic acid of interest and the sequence of a reference nucleic acid. The disclosed method generally involves excision and replacement of selected nucleotides in nucleic acid strands hybridized to other strands. In the method, if the excised nucleotide was mismatched with the nucleotide in the other, hybridized strand, then the replacement nucleotide will not be mismatched. If the excised nucleotide was not mismatched with the nucleotide in the other, hybridized strand, then the excised nucleotide is not replaced. This difference allows detection of variation in the nucleic acid of interest. In some forms of the method, by replacing excised nucleotides with nuclease-resistant nucleotides, strands in which excised nucleotides are replaced will be resistant to nuclease digestion while strands in which excised nucleotides are not replaced will be sensitive to nuclease digestion. By exposing the hybridizing nucleic acids to nuclease following replacement of excised nucleotides, the strands in which excised nucleotides are not replaced can be destroyed by the nuclease while strands in which excised nucleotides are replaced can be preserved. The remaining strands can then be detected and whether the strand survived nuclease digestion can be noted. Strands that survive nuclease digestion are indicative of the presence of variation in the nucleic acid of interest.
La présente invention concerne des procédés et des compositions visant à détecter les variations dans des acides nucléiques. Le procédé décrit consiste à comparer la séquence d'un acide nucléique d'intérêt avec la séquence d'un acide nucléique de référence afin d'identifier de manière sensible les variations entre les deux séquences. Le procédé décrit implique d'une façon générale l'excision et le remplacement de nucléotides sélectionnés dans des brins d'acide nucléique hybridés à d'autres brins. Selon ledit procédé, si le nucléotide excisé ne concordait pas avec le nucléotide dans l'autre brin hybridé, le nucléotide de remplacement concordera quant à lui. Si le nucléotide excisé concordait avec le nucléotide dans l'autre brin hybridé, le nucléotide excisé n'est pas remplacé. Cette différence permet de détecter les variations dans l'acide nucléique d'intérêt. Dans certains modes de réalisation du procédé, en remplaçant des nucléotides excisés par des nucléotides résistants à la nucléase, les brins dans lesquels les nucléotides excisés sont remplacés seront résistants à la digestion par nucléase alors que les brins dans lesquels les nucléotides excisés ne sont pas remplacés seront sensibles à la digestion par nucléase. En exposant les acides nucléiques d'hybridation à la nucléase après avoir remplacé les nucléotides excisés, les brins dans lesquels les nucléotides excisés ne sont pas remplacés peuvent être détruits par nucléase alors que les brins dans lesquels les nucléotides excisés sont remplacés peuvent être préservés. Les brins résiduels peuvent alors être détectés et il convient alors de noter si le brin a survécu à la digestion par nucléase. Les brins ayant survécu à la digestion par nucléase sont indicatifs de la présence d'une variation dans l'acide nucléique d'intérêt.
Gowling Lafleur Henderson Llp
Insight Genetics Inc.
LandOfFree
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