Microarrayed organization of transcription factor target genes

Details Microarrayed organization of transcription factor target genes Microarrayed organization of transcription factor target genes

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C07K 14/47 (2006.01) C07K 16/40 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)

Patent

CA 2422314

The following invention outlines methodologies for the construction and utilization of transcription factor direct target gene microarrays of both DNA and corresponding protein/peptide target origin. The technology entails the array/microarray annotation and organization of transcription factor direct loci and corresponding protein products identified through modified and improved versions of chromosomal immunoprecipitation (ChIP) and molecular cloning procedures. It allows for the formulation of physiologically directed arrays which result in a thorough, focused characterization of the genetic and biochemical regulation occurring within a give population of cells or a given tissue. Arrays and microarrays of direct targets for any given transcription factor created utilizing this technology are substantially more clinically relevant for purposes of medical diagnostics and patient prognostics than conventional microarrays due to the physiologically focused nature and the transcription factor targets. In addition, the characterization and array organization of transcription factor target protein products and the assessment of their interactions with other proteins and/or small molecules is of critical importance for the purposes of understanding cellular and organismal biology and ultimately the design of therapeutics for human anomalies.

Cette invention a trait à des méthodes de construction et d'utilisation de micro-réseaux de gènes constituant des cibles directes de facteur de transcription, tant d'ADN que d'origine protéique/peptidique correspondante. Cette technique nécessite une annotation réseau/micro-réseau et une organisation de loci directs de facteur de transcription et des produits protéiques correspondants identifiés grâce à des versions modifiées et améliorées de processus d'immunoprécipitation chromosomique (ChIP) et de clonage moléculaire. Elle permet de formuler des réseaux axés sur le plan physiologique, ce qui se solde par une caractérisation approfondie et focalisée de la régulation génétique et biochimique survenant dans une population donnée de cellules ou d'un tissu donné. Les réseaux et micro-réseaux de cibles directes, en rapport avec n'importe quel facteur de transcription, créés grâce à cette technique sont bien plus pertinents, du point de vue clinique, s'agissant de diagnostics médicaux et de pronostics relatifs à des patients, que les micro-réseaux classiques et cela, en raison du principe de focalisation physiologique et des cibles elles mêmes de facteur de transcription. De plus, la caractérisation et l'organisation en réseau de produits protéiques cibles de facteur de transcription ainsi que l'évaluation de leurs interactions avec d'autres protéines et/ou de petites molécules sont d'une importance cruciale s'agissant de la compréhension de la biologie cellulaire et des organismes et, enfin, de la mise au point de thérapies relatives à des anomalies chez l'être humain.

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