Modified nucleic acid probes and uses thereof

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01)

Patent

CA 2319662

Disclosed is a method of detecting a nucleic acid sequence of interest in a sample, the method comprising contacting the sample with first and second probes; the first probe comprising a portion complementary to the sequence of interest and so capable of hybridising thereto, and a portion non-complementary to the sequence of interest; the second probe comprising a portion complementary to the sequence of interest and so capable of hybridising thereto, and a portion non-complementary to the sequence of interest but complementary to that portion of the first probe which is non-complementary to the sequence of interest, such that the first and second probes are capable of hybridising to the sequence of interest in an adjacent or substantially adjacent manner, so as to allow complementary portions of the first and second probes to hybridize to each other; causing extension of the first probe with a nucleic acid polymerase, using the second probe as a template; and detecting directly or indirectly the extension of the first probe, so as to indicate the presence of the sequence of interest; characterised in that the first and/or second probe comprises a destabilizing moiety which cannot base pair with the reciprocal probe, thereby preventing hybridisation of the first and second probes in the absence of the sequence of interest.

La présente invention concerne un procédé de détection d'une séquence d'acide nucléique recherchée dans un échantillon, ce procédé consistant à mettre en contact l'échantillon avec des première et seconde sondes, la première sonde comprenant une partie complémentaire de la séquence recherchée et pouvant donc s'hybrider avec elle, et une partie non complémentaire de la séquence recherchée. La seconde sonde comprend une partie complémentaire de la séquence recherchée et est donc capable de s'hybrider avec elle, et une partie non complémentaire de la séquence recherchée, mais complémentaire de la partie de la première sonde qui n'est pas complémentaire de la séquence recherchée, de sorte que les première et seconde sondes puissent s'hybrider avec la séquence recherchée en position adjacente ou pratiquement adjacente, afin de permettre aux parties complémentaires des première et seconde sondes de s'hybrider ensemble. Par ailleurs, l'invention consiste à provoquer l'extension de la première sonde avec une polymérase d'acide nucléique, en utilisant la seconde sonde comme modèle, et à détecter directement ou indirectement l'extension de la première sonde, afin d'indiquer la présence de la séquence recherchée. Enfin, cette invention est caractérisée en ce que la première et/ou la seconde sondes comprennent une fraction de déstabilisation ne pouvant pas effectuer un appariement de bases avec les sondes réciproques, empêchant ainsi l'hybridation des première et seconde sondes sans la séquence recherchée.

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