Molecular characteristics of non-small cell lung cancer

Details Molecular characteristics of non-small cell lung cancer Molecular characteristics of non-small cell lung cancer

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C12Q 1/00 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/574 (2006.01)

Patent

CA 2456334

We used hierarchical clustering to examine gene expression profiles generated by serial analysis of gene expression (SAGE) in a total of nine normal lung epithelial cells and non-small cell lung cancers (NSCLC). Separation of normal and tumor samples, as well as histopathological subtypes, was evident using the 3,921 most abundant transcript tags. This distinction remained when just 115 highly differentially expressed transcript tags were used. Furthermore, these 115 transcript tags clustered into groups that were suggestive of the unique biological and pathological features of the different tissues examined. Adenocarcinomas were characterized by high-level expression of small airway- associated or immunologically related proteins, while squamous cell carcinomas overexpressed genes involved in cellular detoxification or antioxidation. The messages of two p53-regulated genes, p21 WAF I ICIPI and 14-3-3.sigma., were consistently under-expressed in the adenocarcinomas, suggesting that the p53 pathway itself might be compromised in this cancer type. Gene expression observed by SAGE were consistent with the results obtained by quantitative real-time PCR or cDNA array analyses using 43 additional lung tumor and normal samples. Thus, although derived from only a few tissue libraries, molecular signatures of non-small cell lung cancer derived from SAGE most likely represent an unbiased yet distinctive molecular signature for human lung cancer.

On utilise la classification hiérarchique pour examiner les profils d'expression de gènes produits par l'analyse en série de l'expression de gènes (SAGE) dans un total de neuf cellules pulmonaires épithéliales normales et de cancers du poumon non à petites cellules (NSCLC). La séparation d'échantillons normaux et tumoraux, ainsi que des sous-types histopathologiques, est évidente au moyen des 3921 marqueurs de transcription les plus abondants. La distinction reste lorsqu'on utilise juste 115 marqueurs de transcription exprimés de manières très différentes. De plus, lesdits 115 marqueurs de transcription sont classés en groupes qui correspondent aux caractéristiques biologiques et pathologiques propres des différents tissus examinés. On caractérise des adénocarcinomes par l'expression très élevée de petites protéines associées aux voies aériennes relatives à l'immunologie, alors que les carcinomes à cellules squameuses le sont par des gènes surexprimés impliqués dans la détoxification cellulaire ou l'antioxydation. Les messages de deux gènes régulés par p53, p21?WAF1/CIP1¿ et 14-3-3.sigma., sont continuellement sous-exprimés dans les adénocarcinomes, ce qui laisse supposer que la voie p53 elle-même puisse être fragilisée dans ce type de cancer. L'expression de gènes observée par SAGE correspond aux résultats obtenus par des analyses quantitatives en temps réel de matrice ordonnée PCR ou d'ADNc au moyen de 43 tumeurs pulmonaires supplémentaires et d'échantillons normaux. Ainsi, bien qu'elles soient dérivées de seulement quelques bibliothèques tissulaires, des signatures moléculaires de cancers pulmonaires non à petites parties dérivées de SAGE représentent le plus souvent une signature moléculaire impartiale bien que particulière pour un cancer du poumon chez l'humain.

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