G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/50 (2006.01) C07K 1/04 (2006.01)
Patent
CA 2411190
A high-throughput molecular docking facility is presented for screening combinatorial libraries to identity binding ligands and ultimately pharmaceutical compounds. The facility employs a pre-coking conformational search to generate multiple solution conformations of a ligand. The molecular docking facility includes: generating a binding site image of the target molecule, the binding site image to atoms in at least one solution conformation of the multiple solution conformations of the ligand to obtain at least one ligand position relative to the target molecule in a ligand-target molecule complex formation; and optimizing the at least one ligand position while allowing translation, orientation and rotatable bonds of the ligand to vary, and while holding the target molecule fixed. Docking results are clustered using as a metric the rms deviation between the core of two docked molecules. A library is rated is rated as to complementarity to the target molecule according to the relative number of ligands in the top cluster.
L'invention concerne un dispositif d'amarrage moléculaire de haute capacité permettant de cribler des bibliothèques combinatoires afin d'identifier des ligands à liaison identitaire et ultérieurement des composants pharmaceutiques. Ce dispositif utilise une recherche de conformation avant carbonisation afin de générer des conformations à solution multiple pour un ligand. Le dispositif d'amarrage moléculaire est composé de : la production d'une image de site de liaison de la molécule cible, cette image de site de liaison pour des atomes dans au moins une conformation de solution parmi les conformations de solution multiple du ligand afin d'obtenir au moins une position de ligand par rapport à la molécule cible dans une formation de complexe de molécule cible-ligand; et l'optimisation de la position de ligand, au moins une, tout en permettant la modification de la translation, de l'orientation et des liens rotatifs du ligand, et tout en maintenant la molécule cible fixée. Les résultats d'amarrage sont rassemblés en utilisant comme métrique l'écart-type moyen entre le noyau des deux molécules amarrées. Une bibliothèque est notée comme complémentaire de la molécule cible conformément au nombre relatif de ligands dans le regroupement supérieur.
Diller David J.
Merz Kenneth M. Jr.
Cassan Maclean
Pharmacopeia Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1405978