Multi-fluorescent hairpin energy transfer oligonucleotides

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01)

Patent

CA 2335026

An oligonucleotide, labeled with a molecular energy transfer trio and containing two sequences capable of hairpin formation, is used in the detection of two targets by irradiation with a single wavelength of light. One of the two sequences contains an energy donor and a first energy acceptor, and the other sequence contains a second energy acceptor. The donor is in close proximity to the second acceptor only if the hairpin is formed, while the donor is always in close proximity to first acceptor. A sample is assayed, using this oligonucleotide in conjunction with another oligonucleotide which contains the donor fluorophore and the quencher, arranged as described above, but which lacks the acceptor fluorophore. The present oligonucleotide and the other oligonucleotide are specific to first and second targets, respectively. If a sample contains the first and second targets, then hairpin formation is prevented after each oligonucleotide is incorporated into a target amplification product or hybridized to a target. Subsequent irradiation of the sample with the single wavelength of light which excites the donor fluorophore, but not the acceptor fluorophore, causes two distinctive signals to be generated. The first signal is emitted by the second fluorophore of the present oligonucleotide, while the second signal is emitted by the first fluorophore of the other oligonucleotide. Thus, the first and second targets are detected when one observes the first and second signals, respectively.

L'oligonucléotide faisant l'objet de cette invention, qui est marqué au moyen d'un trio de transfert d'énergie moléculaire et qui contient deux séquences pouvant former une épingle à cheveux est utilisé dans la détection de deux cibles par irradiation de lumière à une seule longueur d'ondes. L'une des deux séquences contient un donneur d'énergie et un premier accepteur d'énergie et l'autre séquence contient un second accepteur d'énergie. Le donneur est à proximité étroite du second accepteur, uniquement lorsqu'il y a formation de l'épingle à cheveux, alors que le donneur se trouve toujours à proximité étroite du premier accepteur. On procède au dosage d'un échantillon en utilisant cet oligonucléotide en association avec un autre oligonucléotide qui contient le fluorophore donneur et l'extincteur de luminescence, agencés comme décrit ci-dessus, mais qui est exempt du fluorophore accepteur. Le présent oligonucléotide et l'autre oligonucléotide sont spécifiques à la première et à la seconde cible, respectivement. Lorsqu'un échantillon contient ces première et seconde cibles, alors la formation de l'épingle à cheveux est empêchée, après que chaque oligonucléotide a été incorporé dans un produit d'amplification cible ou hybridé à une cible. L'irradiation de l'échantillon par une lumière ayant une seule longueur d'onde, qui excite le fluorophore donneur mais n'excite pas le fluorophore accepteur, entraîne la production de deux signaux distinctifs. Le premier signal est émis par le second fluorophore du présent oligonucléotide, alors que le second signal est émis par le premier fluorophore de l'autre oligonucléotide. Ainsi, la première et la seconde cible sont détectées lorsqu'on observe le premier et le second signal, respectivement.

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